Историк Б. Никольский считает: «Поскольку весь экипаж “Потемкина” был интернирован и остался в Румынии, провести полноценное судебное расследование по факту мятежа на броненосце было нереально. Только полноценное дознание и следствие с опросами, допросами, следственными экспериментами и прочими процессуальными процедурами могло дать объективную картину, в том числе оценить степень внедрения представителей различных антиправительственных структур и партий в экипаж броненосца и их влияние на ход мятежных действий. Только поэтому оказалась столь живучей легенда о том, что во главе мятежа стояли социал-демократы и пр. По этой же причине Константин Фельдман, создавая и культивируя свой ореол буревестника революции, мог в этой связи и немного пофантазировать…»
Жандармским управлением был составлен весьма подробный «Список нижних чинов-убийц и главных зачинщиков бунта», согласно которому по всей империи и за ее границами начался розыск государственных преступников.
С 25 января по 4 февраля 1906 года в Севастополе состоялся военно-морской суд. По делу о мятеже были привлечены 68 потемкинцев. При этом судьи прекрасно понимали, что главные зачинщики и руководители мятежа сбежали за границу. «В рассматриваемом случае, когда важнейшие преступники были увлечены примером других, а все остальные действовали под угрозой лишения жизни, зачинщиков и главных виновников нет. Поэтому все наказания назначаются по усмотрению суда, в зависимости от вины и степени участия каждого». На основании манифеста от 21 октября 1905 года смертная казнь трем матросам была заменена каторгой на 15 лет, 16 человек были осуждены к различным срокам каторжных работ, остальные отделались посылкой в исправительно-арестантские роты. Заметим, что практически все арестованные весьма активно сотрудничали со следствием, почти каждый клялся, что он был против мятежа и ненавидел главарей. Но минули годы, сменилась политическая власть в стране, и эти же матросы, как по мановению ока, все как один сразу же стали «первыми друзьями Вакуленчука и Матюшенко» и «руководителями восстания»…
Судили и 75 зачинщиков восстания и с «Георгия Победоносца», троих казнили. Им не повезло, дело было в августе, до Октябрьского манифеста, и приговоры тогда были весьма суровые.
Главаря мятежников с «Георгия Победоносца» машиниста 1-й статьи Дорофея Кошубу, который был ранен и пойман в Феодосии, расстреляли 23 сентября 1905 года.
О команде миноноски № 267 историки обычно умалчивают. Действительно, команда миноноски в ходе восстания ничем выдающимся себя не проявила и в полном составе вернулась из Румынии в Севастополь. Источники сведений о ней весьма бедны. Однако материалы следствия отдают должное первому революционному порыву матросов миноноски. «… Нельзя не прийти к заключению, — писал военно-морской судья полковник П.Л. Воеводский, — что с момента перехода броненосца 14 июня с Тендровского рейда в Одессу названная команда имела полную возможность отделиться от мятежной команды броненосца и передать миноносец в ведение одесских военных властей и что все последующие совместные ее действия и переходы с броненосцем из порта в порт происходили не иначе, как по доброй воле, при явном отсутствии непреодолимого принуждения со стороны команды броненосца».
Однако на допросах матросы с миноноски своих товарищей не выдали, назвав лишь тех руководителей восстания, которые были уже известны всем участникам и очевидцам. Это и не удивительно: команды маленьких кораблей всегда более дружны и сплоченны, чем больших. Увы, надежды миноносников на милосердие царского суда не оправдались. Все матросы миноносца № 267 проходили по делу как обвиняемые и были приговорены к отдаче в арестантские роты. Обмануть следствие им не удалось.
Последствиями мятежа на «Потемкине» стали и серьезные кадровые перестановки среди командования Черноморского флота. Вскоре после июльских событий адмиралы Кригер и Вишневецкий, командиры броненосца «Георгий Победоносец» и судна «Прут», а также ряд других офицеров, проявивших попустительство и бездеятельность во время мятежа на броненосце, высочайшим приказом от 1 августа 1905 года были уволены со службы без производства в следующий чин и даже без предварительного прошения об отставке.
До сих пор историками так и не выяснена причастность ставшего печально знаменитым несколькими месяцами позднее лейтенанта Петра Шмидта к мятежу «Потемкина». Дело в том, что именно в это время Шмидт находился в Измаиле, где базировался миноносец, которым он командовал. При этом из Измаила он все время самовольно ездил по каким-то делам то в Одессу, а то и в Киев. А потому позднейшие события ноябрьского мятежа на крейсере «Очаков» наводят на мысль о существовавших связях Шмидта с Одесским революционным комитетом или по крайней мере с отдельными его деятелями.
Но ведь именно этот комитет через Фельдмана и Березовского руководил и «Потемкиным»! Поэтому вполне возможно, что именно Шмидту предлагали возглавить мятежный корабль, но он по какой-то причине отказался.