30 сентября по присланным материалам Медведеву был устроен допрос — и вновь заплечных дел мастерам не удалось обнаружить в действиях Сильвестра криминала. Медведев подробно рассказал об истории создания политических гравюр в России и за границей «к похвале великой государыне» царевне Софье. Проверяя его слова, розыскная комиссия провела множество допросов причастных к этому делу людей, выяснила все в подробностях. Но результат свидетельствовал против обвинения — он подтверждал, что Медведев совещался с Шакловитым действительно «о рацеях» (подписях к гравюрам, в которых не было ничего предосудительного), а не о политических убийствах, как хотелось доказать следствию. «Не сработали» и письма. Медведев сказал, что «не ведает», как они у него объявились. Список стрельцов не включал фамилий лиц, привлеченных к розыску, а письмо голландского купца розыскная комиссия оказалась не в силах перевести.
Ретивость в изобретении обвинений против ученого старца проявлял не только патриарх. Пришедшие к власти политиканы отрабатывали долг перед Иоакимом добросовестно и со своей стороны подготовили к 30-му числу подробнейшие «вопросные статьи», буквально высасывая из изветов и допросов все, что мало-мальски годилось для обвинения в «измене». Например, из истории с юродивым Ивашкой, присланным Шакловитым для освидетельствования к Медведеву, розыскная комиссия вынесла такой вопрос: «И тот юродивый не раскольник ли, и не для какого ли воровства, умысла и раскола его Федька присылал?» На допросе Сильвестр рассказывал о «смятении» в Москве (подстроенном «петровцами», о чем обвиняемый не знал), в том числе о событиях, о которых только слышал. А почему Медведеву рассказывали об этом «и ему… до того какое дело?» — интересовалась комиссия. Медведев упоминал о совершенно нелепом доносе патриарха царевне Софье, когда хотел объяснить, почему уже давно собирался удалиться в дальний монастырь. Комиссия из этих слов сделала вопрос: «На Дон Селиверстко к казакам писем о возмущении каких не посылал ли?»
Не брезговали следователи и передергиванием, прямым искажением смысла слов свидетелей. Келейник Медведева старец Арсений говорил, что у Сильвестра «умысла… никакого на го-сударское здоровье не слыхал», «а о церкви божией он, Сильвестр, говорил многократно: напрасно-де смутили душу святейшего патриарха приезжие греки; а он, святейший, человек бодрый и добрый, а учился мало и речей богословских не знает» (иными словами, не виноват в ошибке с евхаристией). Арсений особо подчеркнул, что «на святейшего патриарха умысла никакого не бывало и не слыхал». А вот как звучал составленный розыскной комиссией вопрос Медведеву:
— Про него, Сильвестра, старец Арсений сказал, что он, Сильвестр, говорил про святейшего патриарха, что он учился мало и речей богословских не знает. И он, Сильвестр, для чего такие непристойные слова про него, святейшего патриарха, говорил?
Далее из слов Арсения комиссия сделала вывод, «что у Сильвестра противность церкви и святейшему патриарху. А какая противность, про то ведает он, Сильвестр?»
Все вопросные статьи были состряпаны грубо, примитивно. Содержащиеся в них обвинения столь тонкий полемист, как Медведев, вполне мог опровергнуть. Но розыскная комиссия упирала не на логику, а на хорошо проверенное и знакомое ей средство — на пытку.
Пытка в Российском государстве конца XVII века внешне уступала чудовищным изобретениям церковных и светских властей Западной Европы. Отечественный застенок был лишен большей части технических приспособлений, удовлетворявших садистским наклонностям инквизиторов и их протестантских коллег. В хорошо звукоизолированном каменном помещении-подклете к потолку был подвешен блок с веревками, которыми обвязывали закрученные назад руки пытаемого. За кисти рук несчастного поднимали к потолку — вешали на дыбу. Между связанных ног ему продевали бревно, на которое палач прыгал, чтобы руки пытаемого вышли из плечевых суставов и он оказался растянут между полом и потолком. Затем, по указаниям ведущего допрос, специальный мастер заплечных дел брал в руки плетеный кнут из полос жесткой кожи, иногда для большей эффективности усаженный металлическими остриями. Удар наносился так, чтобы кнут-длинник обвился вокруг тела и содрал широкую полосу кожи до мяса и костей. Кроме того, пытаемого можно было жечь огнем или прикладывать к его телу кусок раскаленного на углях металла, но эти дополнительные средства обычно оказывались излишними. Подозреваемые часто «признавались» уже при виде кнута и дыбы (это называлось «расспросом у пытки»). Мало кто из сильных и привычных к опасностям людей, имевших раны в боях с турками и татарами (а такие были среди подвергнутых розыску 1689 года), продолжал отрицать возводимые на них обвинения после пяти или десяти ударов длинником.