После занятия поляками Кремля Боярская дума во главе с Ф.И. Мстиславским, известная как «Семибоярщина», потеряла значение правительства. Власть в Москве теперь находилась в руках Госевского. Ему помогали тушинцы, переметнувшиеся к полякам, — «кривые» Смутного времени, как их называл И.Е. Забелин. Из «кривых» на первых ролях были боярин Михаил Салтыков Кривой и «торговый мужик» Фёдор Андронов, ставший в Тушине думным дьяком, а при поляках — московским казначеем. Салтыков и Андронов избрали в конфиденты литовского канцлера Льва Сапегу. Они писали ему обо всём, что узнавали, и доносили на Госевского и друг на друга. Особенно старался угодить бывший кожевник, а ныне думный дворянин и хранитель царских сокровищ Андронов. «Милостивый пане, пане, а пане милостивый...» — частил он, спеша сообщить Сапеге о новинах в Москве. Вот эти «правители» и решили взяться за Гермогена.
30 ноября Салтыков и Андронов пришли к патриарху с требованием, чтобы «их и всех православных крестьян благословил крест целовать» Сигизмунду. Гермоген их прогнал, но наутро о том же просил глава Боярской думы князь Фёдор Мстиславский. «И патриарх им отказал, что он их и всех православных крестьян королю креста целовать не благословляет. И у них де о том с патриархом и брань была, и патриарха хотели за то зарезать. И посылал патриарх по сотням к гостям и торговым людям, чтобы они [шли] к нему в соборную церковь. И гости, и торговые и всякие люди, прийдя в соборную церковь, отказали, что им королю креста не целовать. А литовские люди к соборной церкви в те поры приезжали ж на конях и во всей збруе. И они литовским людям отказали ж, что им королю креста не целовать», — так писали казанцы вятичам в январе 1611 г.
После гибели второго «Дмитрия», 11 декабря 1610 г., завоеватели не могли больше утверждать, что они пришли с оружием для защиты русских от Вора. Всем стало ясно, что Сигизмунд хочет подчинить Россию. В Рязани Прокопий Ляпунов начал собирать ополчение освобождать Москву. Тогда паны решили использовать патриарха и бояр, чтобы заставить сдаться Смоленск, побудить народ присягнуть Сигизмунду и запретить Ляпунову идти на Москву. Им помогали «Михаил Салтыков с товарищами». Изменники убедили думских бояр написать грамоты. Одну — королю, «чтобы дал своего сына на государство: «А мы на твою волю полагаемся»; другую о том же послам, «а все к тому вели, чтобы крест целовать самому королю»; третью — Ляпунову, «чтобы он к Москве не собирался». Подписав грамоты, бояре пошли к патриарху, чтоб и он руку приложил, но Гермоген «стоял в твердости, яко столп непоколебимый», и говорил им:
«Стану писать к королю грамоты... и вас благословлю писать, если король даст сына своего на Московское государство и крестит его в православную христианскую веру и литовских людей из Москвы выведет... А если такие грамоты писать, что во всем нам положиться на королевскую волю, и послам о том бить челом королю... то стало ведомое дело, что нам целовать крест самому королю, а не королевичу, то я к таким грамотам не только сам руки не приложу, но и вас не благословляю писать, но проклинаю, кто такие грамоты учнёт писать. А к Прокопию Ляпунову стану писать: если будет королевич на Московское государство и крестится в православную христианскую веру, благословляю его служить, а если королевич не крестится... и литвы из Московского государства не выведет, я их благословляю и разрешаю... идти на Московское государство и всем помереть за православную христианскую веру».
Речь патриарха взбесила Салтыкова: он начал его ругать и, «вынув на него нож, хотел его резать». Гермоген против ножа не устрашился и сказал громким голосом, осеняя изменника крестным знамением: «Сие крестное знамение против твоего окаянного ножа, да будешь ты проклят в сем веке и в будущем». А князю Фёдору Мстиславскому сказал тихо: «Твоё есть начало, тебе за то хорошо пострадать за православную христианскую веру; а если прельстишься на такую дьявольскую прелесть, пресечёт Бог твой корень от земли живых, да и сам какою смертью умрёшь». Пророчество его сбылось. На другой день Гермоген повелел народу собраться в соборной церкви, но поляки окружили церковь стражей. Все же некоторые русские успели прийти заранее и слушали проповедь патриарха. Гермоген призывал их стоять за православную веру и о том сообщить в другие города. После такой проповеди поляки приставили к патриарху стражу.