Причинам Кронштадтского мятежа было необходимо срочно дать политическую оценку, и такая оценка была дана. Автором первой официальной советской версии причин Кронштадтского мятежа и его контрреволюционной сущности стал наркомвоенмор Республики Л. Д. Троцкий. Именно за его подписью от имени Совета Труда и Обороны 3 марта 1921 года было опубликовано в «Правде» первое официальное сообщение советского правительства о начавшемся мятеже в Кронштадте и постановление СТО о введении осадного положения в городе Петрограде и Петроградской губернии от 2 марта. В этом сообщении утверждалось, что информация в иностранной прессе о «восстании моряков против советской власти» на деле означает очередной «белогвардейский заговор» и «мятеж бывшего генерала Козловского». И именно Троцкий выступил по горячим следам событий с интервью иностранной прессе. Это интервью Троцкого было опубликовано еще накануне второго штурма Кронштадта, 16 марта 1921 года в газете «Правда» под названием «О событиях в Кронштадте» (интервью с представителями иностранной печати). Троцкий пишет о «теории заговора» мирового империализма с внутренними оппортунистами (меньшевиками и эсерами). Троцкий писал: «Историческое назначение эсеров и меньшевиков состоит в том, чтобы пытаться посадить в седло русскую контрреволюцию, в качестве агента мирового империализма… Кронштадт был выбран как пункт, наиболее близкий к Европе и Петрограду». Чтобы объяснить, как революционные матросы, приведшие большевиков к власти в 1917 году, в 1921 году, стали их врагами, Троцкий писал, что Кронштадт «неизбежно оскудел и в смысле личного состава. Огромное число революционных моряков, сыгравших крупную роль в Октябрьской революции 1917 года, было переведено за истекший период в другие области работы. Выбывшие были заменены в значительной мере случайными элементами, среди которых было довольно много латышских, эстонских и финских моряков, относящихся к своей службе как к временному занятию и в большинстве безучастных к революционной борьбе. Это обстоятельство, разумеется, облегчило организаторам заговора их работу. Они использовали частный конфликт, раздвинули его рамки так, что для части моряков уже не было отступления. При пассивности гарнизона и населения, которые не успели даже разобраться в том, что происходит, мятежники завладели могущественной артиллерией крепости и двух кораблей».
Любопытно, что, несмотря на последующее осуждение троцкизма, изгнание из СССР самого Л. Д. Троцкого, именно его оценка Кронштадтского мятежа будет доминировать на протяжении всей последующей истории СССР.
Что касается В. И. Ленина, то он считал Кронштадтское выступление проявлением «мелкобуржуазной стихии в условиях экономического кризиса», то есть что оно явилось проявлением недовольства крестьянства продразверсткой.
Еще не остыли от стрельбы орудийные стволы кронштадтских фортов, когда на Х съезде РКП(б) в том же марте 1921 года был поднят вопрос о необходимости для Советской России иметь боеспособный военно-морской флот. Съезд признал «в соответствии с общим положением и материальными ресурсами Советской республики, принять меры к возрождению и укреплению Красного военного Флота. С этой целью необходимо:
а) Работу по организации Красного Флота производить в программном порядке, ввести единство плана в область снабжения флота техническими материалами, топливом и пр.
б) Укомплектование личного состава флота производить призывными возрастами преимущественно из фабрично-заводских рабочих, всемерно улучшив постановку учебного дела.
в) Укрепить флот политработниками, прежде всего из числа моряков-коммунистов, работающих ныне в других областях.
г) Центральному Комитету партии принять меры к тому, чтобы РВСР и ПУР провели в центральных военных органах республики изменения, способные действительно обеспечить интересы Красного военного Флота».
Таким образом, именно решения X съезда РКП(б) положили начало возрождению и дальнейшему укреплению Советского военно-морского флота.
Уже в апреле 1921 года по указанию Центрального Комитета РКП(б) на флот срочно было возвращено более 1200 коммунистов-матросов, работавших в партийных, советских и хозяйственных органах по всей стране. Одновременно была проведена специальная проверка всего личного состава флота, с целью удаления из его рядов антисоветских и морально неустойчивых элементов.
Еще не закончились суды над мятежными кронштадтцами, как 30 мая 1921 года нарком Морских сил Республики Л. Д. Троцкий объявил новую структуру наркомата, утвержденную Совнаркомом.