Тем временем В. Д. Бонч-Бруевичу удалось вывести Ленина из состояния прострации и заставить заниматься делом. Вот что он сам писал об этом: «Я тот же час попросил Ленина дать мне письменное распоряжение об отмене прежних автомобильных пропусков. Все автомобили со старыми пропусками задерживаются и направляются в правительственные гаражи. Допуск в Кремль по обыкновенным пропускам прекращается. Я перечислил Ленину другие дополнительные меры, и он с ними согласился».
Попов дал приказ своему отряду занять фронт от Чистых прудов до Яузского бульвара. Больше никаких активных действий отряд Д. И. Попова не предпринимал, так и не сдвинувшись с места до самого разгрома. Более того, оборона занятых позиций свелась лишь к пассивному нахождению в двух зданиях Трехсвятительского переулка.
Исследователь В. Е. Шамбаров, обратив внимание на поразительную пассивность военных частей, перешедших на сторону мятежников, писал: «Полк ВЧК под командованием Попова восстал довольно странно. К нему присоединилась часть полка им. Первого Марта, силы составляли 1800 штыков, 80 сабель, 4 броневика и 8 орудий. У большевиков в Москве было 720 штыков, 4 броневика и 12 орудий. Но, вместо того чтобы атаковать и одержать победу, пользуясь внезапностью и почти троекратным перевесом, полк пассивно бунтовал в казармах».
Впоследствии, в 1921 году на допросе в ВЧК Д. И. Попов утверждал, что: «Никакого участия в подготовке якобы восстания против Соввласти не принимал, вооруженное столкновение в Трехсвятительском переулке было актом самообороны».
Из воспоминаний очевидца: «Попов был выпивши, и кроме него еще несколько человек, которых я не знал, были тоже заметно выпивши. Попов и другие руководители старались громко при своих солдатах говорить, что много новых частей примкнули к ним, что телеграф занят, и по всей России отправлены уже инструкции. Какой-то отряд был приведен в штаб Попова под угрозой расстрела, если они не примкнут к поповцам».
Из показаний слесаря С. И. Каурова, работавшего при штабе Попова: «Я заметил пьянство среди членов штаба, я слышал речь Попова. Он утверждал, что Ленин и Троцкий распродали Россию и теперь отправляют в Германию мануфактуру, хлеб. Большевики продали Черноморский флот и т. д. Меня отправили в подвал. Охрана в моем присутствии распивала водку».
Из показаний арестованного матросами председателя полкового комитета латышского полка В. И. Швехгемера: «Мы не против советской власти, но такой, как теперь, не хотим, – говорил Попов. – Теперешняя власть – соглашательская шайка во главе с Троцким и Лениным, которые довели народ до гибели и почти ежедневно производят расстрелы и аресты рабочих. Если теперешняя власть не способна, то мы сделаем, что можно будет выступить против германца». Далее указывает Попов, что все воинские части на стороне эсеров. Только латыши не сдаются. «В крайнем случае, – говорил Попов, – мы сметем артиллерийским огнем Кремль с лица земли».
В это время, прибыв в Кремль, В. Д. Бонч-Бруевич по телефону связался с председателем Высшей военной инспекции Н. И. Подвойским и потребовал как можно быстрее ввести в Москву верные армейские части.
Далее В. Д. Бонч-Бруевич описывал происходящее так: «Подвойский со вниманием выслушал меня и сказал, что, сосредоточив войска за Москвой-рекой, начнет продвижение частей от храма Христа Спасителя. Все это мне показалось крайне медленным. Враг был слаб. Достаточно было взять одну батарею, отряд стрелков с пулеметами и сразу перейти в наступление. Ленин был согласен со мной: «Да, серьезную штуку затеяли наши военные, настоящую войну разыгрывают. Вы им звоните почаще, напоминайте, что надо как можно скорее закончить с этим делом».
Что касается Л. Д. Троцкого, то он по каким-то своим личным соображениям как мог задерживал прибытие армейских частей в Москву. При этом В. Д. Бонч-Бруевич так описывает реакцию В. И. Ленина: «Наконец-то продвигаются, – шутил, сердясь, Ленин, – хорошо, что враг попался смирный, взбунтовался и почил на лаврах, а то ведь беда была бы с таким войском».
Так и не дождавшись подхода армейских частей Троцкого, В. Д. Бонч-Бруевич отправил на подавление мятежа два полка латышей, которые, обладая особым статусом «преторианской гвардии», не подчинялись Троцкому. Латыши выдвинулись с серьезным запозданием, да и прибыли далеко не в полном составе, так как большая часть стрелков была пьяна.
После перехода в наступление верных советской власти частей отряды левых эсеров постепенно стали отходить к Трехсвятительскому переулку, где были сгруппированы их главные силы. Затем было решено подтянуть артиллерию и расстрелять матросов снарядами в упор. На предложение о сдаче поповцы прислали своих парламентеров во главе с адъютантом Попова, что они не сдадутся и будут сражаться до последнего. После этого артиллерия открыла огонь. Вскоре штаб Попова был уничтожен. Удачные действия артиллерии вызвали полную потерю управления в отряде и, как следствие этого, панику среди матросов.