К серьезной вооруженной схватке поповцы оказались не готовы. Попытки П. П. Прошьяна и некоторых других членов ЦК партии левых эсеров заставить матросов проявлять боевую активность ни к чему не привели. Едва выяснилось, что «второго Октября» у них не получится, братва сразу же свернула свой мятеж. По показаниям Ю. В. Саблина и С. Д. Мстиславского, явившись утром 7 июля на заседание ЦК партии левых эсеров, Д. И. Попов объявил ЦК о том, что намерен со своим отрядом покинуть Москву. После этого поповцы, не дожидаясь чьих-либо распоряжений свыше, двинулись из столицы.
Из доклада Ф. Э. Дзержинского Совнаркому: «Днем стали обстреливать (речь идет о матросах отряда Попова
Поповцы начали отступать к Москве-Рогожской, а оттуда по Владимирскому шоссе, оказывая посильное сопротивление латышам. Впрочем, особо их никто и не преследовал. Несмотря на это, часть матросов, бывших в пьяном состоянии, все же переловили.
Из допроса матроса-поповца Э. Неймана: «Поступил в отряд Попова в начале июня с. г. В субботу вечером арестовали, когда я предъявил документы о том, что состою в отряде Попова. За 4 дня до субботы матросы стояли у ворот на карауле и никого не выпускали. У штаба все эти дни стояли пулеметы».
Матрос И. А. Овечкин, 20 лет, из города Путивля: «2 июля поступил в отряд Попова. Я матрос Черноморского флота, получал 240 рублей. Всего прибыло нас около 500 человек матросов. К нам тогда явились от Попова пригласить к себе, так как в Москве много контрреволюционеров. Я был в обозе. Я считаюсь большевиком и против советской власти не иду. Я бежал вместе с отрядом и сдался на заводе при станции Обираловка. Я согласен поступить в армию».
Матрос Черноморского флота Ф. И. Перегудов: «В отряд я поступил 2 июля с. г. По списку нас поступило в отряд Попова около 180 человек, а затем часть ушла. Из обмундировки нам выдали 2 пары белья и сукно на брюки и гимнастерку. Задержали в Богородске».
Любопытно, что репрессировать матросов (за исключением пойманных по горячим следам и расстрелянных первых 12 матросов) после подавления мятежа не решились. Уже 9 июля Л. Д. Троцкий (один из самых активных сторонников затопления Черноморского флота), выступая с докладом на V съезде Советов, говорил о матросах исключительно в превосходных тонах: «Ну, а что касается «поповцев», то они просто были «сбиты с толку» и когда арестованные ими наши товарищи Дзержинский, Лацис, Смидович вступили в общение с отрядом… мужественно выяснили им положение, то отряд перешел на их сторону». Это была, мягко говоря, неправда, но другого выхода у Троцкого просто тогда не было. В связи с предстоящим отъездом на Волжскую флотилию он просто очень нуждался в симпатиях матросов.