Сталин решил возложить на флот решение задачи по разгрому мятежников. По его приказу 13 июня в море вышли корабли Балтийского флота. Одновременно в Ораниенбауме была сформирована Береговая группа войск, ядро которой составили отряды моряков. 14 июня Сталин прибыл в Ораниенбаум и провел совещание морского и сухопутного командного состава, на котором был принят план захвата форта Красная Горка одновременным ударом с моря и суши. 15 июня наступление на мятежный форт началось. В ночь с 15 на 16 июня форт Красная Горка был взят, а через несколько часов пал и форт Серая Лошадь. Расчет Сталина на боеспособность флота оказался верным.
В письме Ленину Сталин с удовлетворением отмечал, что в споре с военно-морскими спецами относительно использования флота для штурма сухопутных крепостей, он оказался прав: «Морские специалисты уверяют, что взятие Красной Армии с моря опрокидывает морскую науку. Мне остается лишь оплакивать так называемую науку. Быстрое вмешательство со стороны моей и вообще штатских в оперативные дела, доходившим до отмены приказов по морю и суше и навязывания своих собственных. Считаю своим долгом заявить, что я и впредь буду действовать таким образом, несмотря на все мое благоговение перед наукой». Как и рассчитывал Сталин, флот выдержал также неоднократные бои с английской эскадрой.
Успехи были достигнуты и сухопутными частями Красной Армии. 21 июня 7-я армия (23 тысяч человек) перешла в контрнаступление и вскоре отбросила Северо-Западную армию Юденича (16,5 тысячи человек) от Петрограда. Одновременно было развернуто наступление на войска белофиннов в районе Онежского озера и 28 июня части Красной Армии овладели Видлицей – военной базой у границ Финляндии. Угроза падения Петрограда была предотвращена.
В 20-х числах июня Красная Армия развернула наступление на Восточном фронте. 1 июля части Красной Армии освободили Пермь и Кунгур. В телеграмме Реввоенсовету Восточного фронта Ленин писал: «Поздравляю геройские красные войска, взявшие Пермь и Кунгур. Горячий привет освободителям Урала. Во что бы то ни стало надо довести это дело быстро до полного конца».
13 июля Красная Армия освободила Златоуст, а 14 июля – Екатеринбург. Белые попытались остановить наступление красных под Челябинском, бросив против них свои стратегические резервы. В тяжелых боях, длившихся неделю, исход которых трудно было предсказать, армии Колчака были разбиты.
После побед, достигнутых Красной Армией на Урале и в Сибири, Ленин обратился 24 августа с письмом к рабочим и крестьянам. Он призвал их не успокаиваться на достигнутом, а сосредоточить усилия для окончательного уничтожения врага и указал на уроки, которые следует извлечь из опыта, чтобы застраховать от повторения колчаковщины. Ленин писал, что опыт борьбы с колчаковщиной позволил трудящимся сравнить диктатуру буржуазии и диктатуру рабочего класса. «Беспощадная борьба капиталу и союз трудящихся, союз крестьян с рабочим классом – вот последний и самый важный урок колчаковщины».
К этому времени самая острая угроза для Советской республики за все время Гражданской войны сложилась на Южном фронте. 25 мая 1919 г. деникинская конница прорвала позиции 9-й армии и 7 июня соединилась с мятежными казаками. Так началось наступление белых армий под командованием А.И. Деникина. Хотя их численность была невелика (около 100 тысяч человек), им противостояли еще меньшие (60 тысяч человек) и плохо вооруженные силы красных. Развернув наступление на фронте от Волги до Днепра, 30 июня белые взяли в один день Царицын и Екатеринослав. 1 июля Троцкий, находившийся на Южном фронте, писал в телеграмме Ленину: «Ни агитация, ни репрессии не могут сделать боеспособной босую, раздетую, голодную, вшивую армию». Он вернулся в Москву и подал в отставку со всех своих постов. Правда, Ленин и остальные члены советского руководства уговорили Троцкого вернуться к исполнению своих обязанностей, но председатель Реввоенсовета явно не мог придумать, как остановить наступление белых.
Документы свидетельствуют о том, что в то время Л. Д. Троцкий исходил из неизбежности поражения, а потому 5 августа 1919 года он представил в Совет Обороны свой план переноса базы мировой революции из России в Индию. Поставив на России крест, Троцкий писал: «Ареной близких восстаний может стать Азия… Международная обстановка складывается, по-видимому, так, что путь на Париж и Лондон лежит через города Афганистана, Пенджаба и Бенгалии». Он выдвинул «план создания корпуса (30 000 – 40 000 всадников) с расчетом бросить его на Индию». Троцкий предлагал «сосредоточить где-нибудь на Урале или Туркестане революционную академию, политический штаб азиатской революции… Нужно уже сейчас приступить к более серьезной организации в этом направлении, к сосредоточению необходимых сил лингвистов, переводчиков книг, привлечению туземных революционеров – всеми доступными нам средствами и способами».