Тогда Сталин считал, что национальные окраины России должны превратиться в «областные автономии». При этом он замечал: «Советская автономия не есть нечто застывшее и раз навсегда данное, она допускает самые разнообразные формы и степени своего развития. От узкой административной автономии (немцы Поволжья, чуваши, карелы) она переходит к более широкой, политической автономии (башкиры, татары Поволжья, киргизы), от широкой политической автономии – к еще более расширенной форме (Украина, Туркестан), наконец, от украинского типа автономии – к высшей форме автономии, к договорным отношениям (Азербайджан)». Из этого следовало, что Сталин считал «автономиями» как республики, входившие в состав РСФСР, вроде Чувашской, и номинально независимые советские республики вроде Украинской и Азербайджанской, не входившие в состав РСФСР. Он считал, что все земли, на которых установлена Советская власть, объединены принципами пролетарского единства, а потому их можно рассматривать как единую социалистическую державу, даже если отдельные республики считаются независимыми.
Однако такая позиция Сталина не пользовалась всеобщей поддержкой на «национальных окраинах». Если договор с Азербайджаном 1920 года, предусматривавший скорейшее соединение органов управления в военной, экономической, финансовой областях, а также почты и транспорта, позволял расценивать положение Азербайджана как автономии РСФСР, то заключение подобного договора с Украиной в конце 1920 года натолкнулось на препятствия. В результате ведение вопросов армии и военно-морского флота, народного хозяйства, финансов, внешней торговли, труда, связи, транспорта поручалось объединенным народным комиссариатам РСФСР и УССР. Их представители входили в состав совнаркомов двух республик. Совершенно ясно, что нельзя было говорить о том, что Украина являлась «автономией» России.
По оценке английского историка Карра, некоторые договоры, заключенные между РСФСР и рядом других республик (Белоруссия, Армения, Грузия), приближались к «азербайджанской» модели, а другие – к «украинской». Наконец, договоры, заключенные РСФСР с Хорезмом и Бухарой, предусматривали лишь военно-политический союз, но в них не говорилось об объединении наркоматов.
Правительства некоторых советских республик оказывали упорное сопротивление планам экономической и политической интеграции с другими советскими республиками. Руководство Грузии (Б. Г. Мдивани, М. С. Окуджава, Л. Е. Думбадзе и другие) выступали за сохранение во всех закавказских республиках своих армий, своей валюты, свободы внешней торговли. Они требовали выхода закавказских компартий из РКП(б). О своем нежелании объединяться в единый союз свидетельствовали такие действия руководства Грузии, как запреты на заключение браков между гражданами Грузинской ССР и гражданами других советских республик. Возмутительным стало распоряжение грузинских властей выставить пулеметные патрули на границах Грузинской ССР, чтобы не допустить перехода границ голодающими из Поволжья.
Вопреки сопротивлению сепаратистов Сталин настаивал на создании общесоюзного аппарата управления, контролирующего не только вопросы внешней политики и обороны, но также экономику, финансы, связь, транспорт. Противники Сталина старались заручиться поддержкой в Москве и прежде всего со стороны Троцкого, который готов был им помочь. Созданная по инициативе Троцкого комиссия по расследованию конфликтов между центральным руководством и местными правительствами (в ее состав входили управляющий делами Совнаркома Горбунов, секретари Ленина Фотиева, Гляссер и другие) представила Ленину дело так, что суть возникших разногласий сводится к нетактичному поведению Сталина, Орджоникидзе и Дзержинского в отношении руководства Грузии.
Правда, уже через месяц после доклада комиссии Ленину ее член М. Гляссер признавала, что Ленин превратно понял и без того одностороннюю информацию и «благодаря болезни был не прав по отношению к т. Сталину… Особенно тяжело потому, что за два с половиной года работы в Политбюро я, близко видя работу Политбюро, не только научилась глубоко ценить и уважать всех вас, в частности, Сталина (мне стыдно смотреть на него теперь), но и понимать разницу между линией Вл. Ил-ча и Троцкого».