22 июня лодка встретила в составе 8-го дивизиона 2-й бригады ПЛ на Ханко, откуда в первый же день войны ей пришлось перейти в Палдиски. Переизбыток лодок в составе КБФ привел к тому, что «малютка» оказалась востребованной в 1941 г. для боевой службы всего лишь раз – в период с 27 по 31 июля – для несения прибрежного дозора в зоне ответственности БОБРа (Береговой обороны Балтийских, т. е. Моонзундских, островов). Встреч с противником лодка не имела. Не вызывает сомнения, что в скором времени для лодки Маринеско нашлась бы более интересная задача, если бы на нее не пал выбор для отправки на Каспий в качестве учебной. В начале августа 1941 г. «М-96» перешла в Ленинград и начала подготовку к перевозке. С этим периодом связаны первые «трудности» в боевой карьере будущего командира «С-13». В октябре 1941 г. он был исключен из кандидатов в члены ВКП(б) за организацию азартных карточных игр в дивизионе и пьянство. Интересно отметить, что комиссар дивизиона батальонный комиссар А.Г. Дымский получил 10 лет исправительно-трудовых лагерей с отсрочкой наказания до конца войны и отправкой на фронт за то, что допустил на своем дивизионе подобное.
Следующей неудачей, на этот раз по не зависящим от Маринеско причинам, стало повреждение «М-96» 14 февраля 1942 г. в результате попадания артиллерийского снаряда осадной батареи. Через полутораметровую пробоину в прочном корпусе затопило 4-й и 5-й отсеки, вышли из строя многие приборы. Ремонт корабля занял шесть месяцев. Получается, что когда 12 августа 1942 г. субмарина вышла в очередной поход, ее экипаж и командир не только не имели на протяжении года нормальной боевой подготовки, предусматривавшей погружения и учебные торпедные атаки, но даже ни разу не видели на море настоящего врага! Почти наверняка можно утверждать, что личный состав «М-96» за истекшие полтора года значительно обновился. Иное в блокадном Ленинграде, судьба которого решалась на сухопутном фронте, просто трудно представить.
Эти обстоятельства необходимо учесть при оценке первой торпедной атаки, имевшей место спустя двое суток после выхода, в районе финского маяка Порккалан-Кал бода. Обнаружив конвой в составе транспорта и двух шхун (реально – тяжелые артиллерийские батареи «Хелене» и «Вест», был ли в отряде третий корабль, из немецких документов неясно), охранявшихся тремя сторожевыми катерами, Маринеско в 11.17 атаковал его. По транспорту с дистанции 12 кабельтовых была выпущена одна торпеда. Уже спустя минуту на лодке услышали треск, который приняли за признак попадания. Через две минуты субмарина, в результате непонятно зачем произведенного продувания средней цистерны, выскочила на 4,8 метра так, что над водой показался перископ, а возможно, и ограждение рубки. Через него командир успел якобы увидеть транспорт, который имел дифферент на нос и тонул. Поскольку на самом деле плавбатарея «Хелена», рядом с которой прошла торпеда, отделалась лишь «легким испугом» (в 1946 г. «потопленную» плавбатарею советский ВМФ получил по репарациям), случай фиктивного потопления 7000-тонного транспорта может вызвать лишь досаду и разочарование у поклонников Александра Ивановича. С нашей же точки зрения, куда более удивительным выглядел бы противоположный результат – лодка с неподготовленным экипажем и несовершенной техникой одиночной торпедой со сравнительно большой дистанции утопила корабль врага. Другое «пятно на китель», легшее уже при возвращении из похода, целиком на совести Маринеско. Не предупредив штаб по радио о досрочном возвращении с позиции, он невольно поставил под удар жизнь всего экипажа. «М-96», не давшую сразу опознавательных сигналов, атаковали свои же катера МО. К счастью, трагедии удалось избежать.
Второй кратковременный поход, произошедший спустя 2,5 месяца после первого, имел специальную задачу – высадку разведгруппы на побережье Нарвского залива. Хотя в нем встреч с противником не было, два небольших «глотка» военного воздуха окрылили Маринеско, придали ему новый интерес к службе и восстановили в глазах начальства. За «потопление» транспорта он получил свою самую высокую прижизненную награду – орден Ленина, звание капитана 3-го ранга, его вновь принимают в кандидаты в партию, пишут хорошую аттестацию и даже посылают на учебу в Военно-морскую академию. Пиком служебной лестницы становится апрельское 1943 г. назначение командиром на среднюю подводную лодку «С-13».