Российские МиГ-31 исправно несли боевое дежурство, несмотря на нехватку горючего и малый налет экипажей. Так в 1994 г. экипаж в составе майора А.Н.Пшегошева и капитана В.В.Величко из авиаполка, базирующегося в Елизове, на Камчатке. предотвратил нарушение Государственной границы американским самолетом «Цессна-550»; в 1994- 96 г.г. и в 1999 г. МиГ-31 привлекались к осуществлению контроля воздушного пространства над Чечней, выполняя функции «миниАВАКС-ов». Перехватчик принимали участие во всех крупных учениях, проводившихся ВВС России в последние годы. В июле 1998 г. проводились научно- исследовательские учения авиации ПВО. в которых проверялась возможность длительных полетов перехватчиков с дозаправкой в воздухе от танкеров Ил-78 и отрабатывалось действие разнородных сил авиации. Перехват условного противника, направлявшегося к Москве с северного направления, осуществляли МиГ-31 из состава 786-го ИАП совместно с перехватчиками Су-30 148-го Краснознаменного Центра боевого применения авиации ПВО. Координацию действий истребителей осуществлял самолет ДРЛО и У А-50. В первом эшелоне шли МиГи, за ними, в 60 км, Су-30. РЛС МиГ-31 обнаружили цели на удалении 200 км. условный перехват был успешно осуществлен на широте Архангельска. В октябре того же года «31 -е» взаимодействовали со стратегическими ракетоносцами в ходе учений Дальней авиации. С 14 по 18 марта 1999 г. на европейской части России проводились учения «Воздушный мост-99»: МиГ- 31 «расчищали» воздушное пространство в зоне выброски десанта над площадкой приземления Будихино в Костромской области.
В сентябре 1999 г. проводились наиболее крупные со времен распада СССР учения Дальней авиации. Особенностью маневров стало тесное взаимодействие стратегических ракетоносцев Tу-95MC и Ту-160. разведчиков Ту-22МР с истребителями-перехватчиками. МиГ-31 привлекались к имитации боевых действий на Дальневосточным театре военных действий. Пара Ту-22МР в сопровождении тяжелых перехватчиков облетела акваторию Японского моря по внутреннему периметру, держась на расстоянии примерно 100 км от границ территориальных вод сопредельных государств. Этот полет переполошил ПВО Японии, подобные «групповые прогулки» самолетов с красными звездами были событием и во времена «холодной войны», а уж в нынешнее, непростое для ВВС России, время в такой полет просто не верилось. МиГ-31 выполнили и свою основную задачу – перехват ракеты-мишени, запущенной с малого ракетного корабля «Малахит». В данном эпизоде перехватчики отрабатывали боевую задачу по прикрытию от ракетной атаки кораблей Тихоокеанского флота, на вооружении ВВС которого нет перехватчиков, способных эффективно бороться с маловысотными целями. Беспрецедентные для вооруженных сил России по масштабам летние и осенние учения 1999 г. стали прямым ответом на агрессию НАТО в Югославии.