Эксплуатация перехватчика в войсках проходит непросто, несколько самолетов потеряно в результате летных проишествий. Ниже приведены только некоторые из них:
– 31 мая 1995 г. МиГ-31 разбился в окрестностях Комсомольска-на- Амуре. на правом берегу Амура. Сразу же после взлета на самолете произошел пожар двигателя, экипаж смог увести истребитель в сторону от жилых массивов и удачно катапультироваться;
– 6 сентября 1995 г. при выполнении пуска ракет с перехватчика произошло резкое кренение самолета с последующим сваливанием в штопор из-за несхода ракеты с левого пилона. Попытки вывести самолет из штопора успеха не имели, экипажу удалось спастись;
– Летом 1996 г. отрабатывая посадку с имитацией отказа двигателя, при попытке уйти на второй круг МиГ-31 столкнулся с препятствием, экипаж катапультировался, один человек погиб;
– 15 января 1997 г. под Котласом в ходе облета после плановых регламентных работ разбился МиГ-31, экипаж погиб.
Всего же за время эксплуатации самолетов МиГ-31 (по 2000 г.) произошло 35 авиапроишествий, в том числе 12 катастроф, согласно заключениям комиссий, занимавшихся расследованием причин происшествий, 19 из них произошло по вине летчиков.
Основными причинами катастроф МиГ-31 является не его конструкционные недостатки (хотя такие, наверняка есть), а малый ежегодный налет летчиков. Перехватчик весьма строг в пилотировании, так при полностью заправленных баках он имеет устойчивость близкую к нейтральной. В сочетании с механической системой управления, малый запас устойчивости означает пилотирование «на лезвии ножа», когда резкое движение ручкой управления или РУДами может привести к сваливанию. Летчик-испытатель Анатолий Квочур в интервью журналу «Крылья Родины», данному в начале 90-х годов. высказал мнение, что ежемесячный налет в 20-30 часов на истребителях класса МиГ-29 и Су-27 мал для летчика-испытателя (и МиГ-29, и Су- 27 в пилотировании проще, чем МиГ-31).