Прошло два года, и Годунов учинил расправу с боярами Романовыми. Дело об «измене» Романовых и Черкасских было самым крупным политическим процессом времен Годунова. Розыск начался по доносу дворянина Бартенева, служившего казначеем у Александра Романова. Бартенев донес, что Романовы хранят у себя в казне волшебные коренья, намереваясь «испортить» (умертвить колдовством) царскую семью. Подлинные документы о ссылке Романовых подтверждают сведения о том, что они стали жертвами «колдовского» процесса. Приставы (стража) говорили Романовым, закованным в железа: «Вы, злодеи-изменники, хотели царство достать ведовством (волшебством) и кореньем».
Будущему царю Михаилу Федоровичу было четыре года, когда боярскую семью Романовых постигла катастрофа.
Как следует из записей польского посольства, отряд царских стрельцов совершил вооруженное нападение на подворье Романовых 26 октября 1600 года. Братья Федор, Александр, Василий, Михаил и Иван Никитичи были взяты под стражу.
Боярская комиссия во главе с Михаилом Глебовичем Салтыковым произвела обыск на захваченном подворье и обнаружила коренья. Найденные улики были доставлены на патриарший двор, где собрались дума и высшее духовенство.
Александр был давним недоброжелателем Бориса. Он был привлечен к дознанию первым. Но затем розыск затронул всю семью. К пытке брали Федора Никитича с братией и их племянника князя Ивана Черкасского.
Суд признал Романовых виновными в покушении на жизнь царя и государственной измене. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Но виновные избежали смертной казни. Лишь в июне 1601 года, через полгода после начала розыска, состоялся приговор о ссылке Никитичей и их родни.
Судьба опальных решилась. Главный «изменник» Александр был сослан «к Стюденому морю к Усолью, рекомая Луду». Усолье было вотчиной Кирилло-Белозерского монастыря. Приставом при Александре был Леонтий Лодыженский. Как записал летописец, по приказу правителя пристав удушил узника и там же похоронил. По словам же Исаака Массы, боярина «истомили в горячей бане». Возможно, Годунов избавился от Александра тем же способом, каким ранее покончил со знаменитым воеводой Иваном Петровичем Шуйским (боярина уморили дымом, угаром).
Михаил Никитич был сослан в Пермь, Василий Никитич — в Яранск, Иван Никитич — в Пелым. Первые двое умерли в ссылке, Иван Никитич уцелел.
Федора Никитича Борис мог бы уничтожить, как его братьев. Но он пощадил боярина. Ему достаточно было лишить Федора Никитича всякой возможности занять царский трон. Он избрал верный ход, приказав постричь боярина в монахи. В монашестве Федор стал именоваться Филаретом. Инок не мог более претендовать на царскую корону. Местом заточения Филарета стал Антониев Сийский монастырь. Обитель располагалась на острове посреди озера. Она была обнесена оградой, и лишь один мост связывал ее с сушей. Кругом простирались глухие леса и болота. Приставом при опальном был Ратман Дуров.
Члены семей заговорщиков были наказаны сравнительно мягко, за исключением Ксении Шестовой-Романовой. Ее постигла участь мужа. По свидетельству Массы, Ксению обвинили в том, что она советовалась с братьями мужа, как бы отравить Бориса. Иначе говоря, честолюбивую женщину считали душой заговора. По этой причине старицу Марфу, в миру Ксению заточили не в монастыре, где она могла оказать вредное влияние на стариц, а в пустынных погостах в Заонежье.
Летописец особо упомянул о том, что приставы морили голодом старицу Марфу и Ивана Никитича. Конечно, надо иметь в виду, что ссылка Романовых по времени совпала с ужасающим трехлетним голодом. На содержание опальных отпустили достаточные суммы, но этих денег стало не хватать, когда цены на продовольствие поднялись в десятки раз. Из переписки приставов с царем следует, что ссыльные были обеспечены провиантом. Так, стольнику Василию Романову и его холопу положено было «по калачу да по два хлеба денежных; в мясные дни — по две части говядины да по части баранины; в рыбные дни — по два блюда рыбы…да квас житный; на корм послано сто рублей денег». О полуголодном существовании узников говорить не приходится. Однако деньги по мере нарастания голода все больше обесценивались.
Сын Филарета Михаил с сестрою был сослан на Бело-озеро. Дети находились там под присмотром тетки Анастасии Никитичны Романовой. На Белоозере оказалась также вся семья Александра Никитича. Опальных содержали в тюрьме.
Правитель подверг разгрому многочисленную родню Никитичей — князей Черкасских, Репниных, Шестуновых, Сиц-ких, Карповых, желая лишить Романовых опоры в думе и Государевом дворе.
Все вотчины опальных были взяты в казну, имущество конфисковано и пущено в распродажу.
В четыре года Михаил Романов лишился отца, постриженного в монахи и заточенного в тюрьму. Даже освобожденный из тюрьмы Филарет не мог вести прежнюю жизнь, так как его жена также стала инокиней. Возврат к мирской жизни им был заказан.