А после смерти старца выяснилось, что получить разрешение на захоронение «зэка», нелегально скрывающегося в Москве и не прописанного здесь, практически невозможно. Уже и «барашка в бумажке» совали кому надо, но везде был получен отказ. И тогда Епраксия Семёновна поехала на Армянское кладбище, где у неё был участок. Только зашла в ворота, а навстречу ей бежит директор кладбища:
— Что там у вас — дедушку хоронить? Давайте скорее документы на подпись, а то некогда, убегаю, спешу.
Так свершилось предначертанное Богом, и директор, даже не заглянув в документы, дал разрешение хоронить. А отпевал игумена Иоанна (Соколова) действительно отец Иоанн (Крестьянкин). На этом отпевании свершилось исцеление рабы Божьей Пелагеи. Была она труженицей, каких мало, и человеком добрейшей души. Но с папиросой не расставалась и страдала такими запоями, что однажды зимой пропила пальто, всю одежду с себя и явилась домой закутанной в дырявый мешок. Пелагею давно уговаривали побывать у старца, а теперь привели проститься с ним. Приложилась Пелагея ко гробу, отошла, а потом попросила отца Иоанна (Крестьянкина):
— Батюшка, а можно ещё раз приложиться?
— Можно.
Лицо усопшего старца было по-монашески закрыто наличником, но тут отец Иоанн откинул его и воскликнул:
— Видели? Видели?
И все увидели сияющий, светоносный лик старца, а по церкви разлилось дивное благоухание. Постояла Пелагея у гроба, приложилась ещё раз.
А выйдя из храма, выбросила папиросы в урну и сказала:
— На тебе, сатана! Больше не буду пить и курить.
Она действительно больше никогда не пила и не курила, а в церкви бывала часто. Зарабатывала Пелагея много — она укладывала стекловату для изоляции подземных коммуникаций, а на этой работе доплачивали за вредность. И вот получит она свою большую зарплату, оставит себе совсем немного, а остальные деньги несёт в церковь:
— Батюшка, скажите, кому отдать?
Пелагея ничем не болела. Но за несколько дней до смерти она, предчувствуя что-то, попросила батюшку пособоровать её. Предчувствие не обмануло — после соборования Пелагея отошла ко Господу, сподобившись безболезненной мирной кончины.
В воспоминаниях об игумене Иоанне (Соколове) незадолго до своей смерти Галина Викторовна Черепанова написала: «В службе святителю Иннокентию Иркутскому есть слова: «Не старцы наша возвестиша нам, не старцы наша поведаша. Сами видела славу Твоего Угодника». Вот и тут никто не сказал, а мы сами видели этого великого Старца». Теперь такие же слова говорят об усопшем архимандрите Иоанне (Крестьянкине).
Долгие годы оставались загадкой слова игумена Иоанна (Соколова) о том, что на Армянском кладбище у него много родных. А когда стараниями архимандрита Иоанна (Крестьянкина) на могиле игумена Иоанна установили мраморное надгробие и крест, то одновременно изменили надписи на соседних могилах, открыв тайные монашеские имена погребённых. Оказалось, что игумен Иоанн лежит в одной ограде с монахами. А погребённый рядом с ним схимонах Ростислав (Сапожников) был известным учёным и профессором кафедры математики и вычислительной техники. За верность православию профессор семь лет просидел в одиночной камере, а после тайного пострига читал свои лекции студентам в скрытых под одеждой веригах.
Сбываются и другие слова игумена Иоанна, сказанные им перед смертью: «Детки мои, я всегда с вами. Приходите на мой холмик, постучите, я отвечу вам». Вот один из таких ответов. Однажды к московскому врачу Марии Ефимовне, ныне монахине Марии, обратилась за помощью монахиня из провинции, страдавшая раком по женской части в столь тяжёлой форме, что бедняга уже высохла, пожелтела, но, изнемогая от нестерпимой боли, тем не менее отказалась от операции. Мария Ефимовна была духовной дочерью архимандрита Иоанна (Крестьянкина) и, зная, что батюшка благословляет обращаться за помощью к игумену Иоанну (Соколову), привезла монахиню на его могилу. Стали они молиться на могилке, и вдруг монахиня будто услышала приказ — немедленно ехать к отцу Иоанну (Крестьянкину).
Приехала она в Псково-Печерский монастырь, а вокруг архимандрита Иоанна (Крестьянкина) такая толпа, что и близко не подойти. А старец вдруг окликнул её через толпу:
— Ты что же, монахиня, детей рожать собралась?
— Как можно, батюшка? — смутилась монахиня.
— Вот и выкинь немедленно эту тряпку. Слышишь, немедленно!
После операции монахиня выздоровела, а потом благодарила Бога и усердно трудилась в своём монастыре.
На могилке игумена Иоанна (Соколова) и поныне идут исцеления. Вот и приходят сюда православные со своими нуждами, а то и просто за утешением. Благодать здесь такая, что уходить не хочется. И люди подолгу сидят на лавочке у святой могилки и, бывает, рассказывают о старце.
Говорят, он был строг в духовной жизни. Тем, кто жаловался на нерадивого духовника, старец отвечал: «По покупателю и продукт». А про тех, кто утром, не помолясь, сразу хватается за хозяйственные дела, старец говорил, что они «как кукольники какие-то. Утром надо прежде всего положить три поклона — Господу, Царице Небесной и Архангелу Михаилу».