В мае развернулись бои с наемниками подошедшего Яна Сапеги. Он вел перед этим торг и с борами, и с Ляпуновым. Когда гетман получил от Мстиславского три тысячи рублей, а столичное рыцарство пообещало поделиться кремлевскими сокровищами, наемники Сапеги вышли в поход на помощь осажденным. От Поклонной горы, где был разбит их лагерь, они двинулись к Лужникам. Стараясь деблокировать осажденный гарнизон, гетман попытался овладеть тверскими воротами. Но ополченцы наголову разбили немецкую пехоту и захватили ее знамена. В боях отличился муромский воевода Мосальский, завоевавший себе славу храбреца. После неоднократных попыток потеснить ополченцев Сапега отступил. Поняв, что победы ему не добыть, он отправился в район Переславля-Залесского собирать продовольствие для осажденного кремлевского гарнизона. У ополченцев не было достаточно сил, чтобы замкнуть кольцо осады Кремля и Китай-города, они сумели лишь перекрыть дороги, ведущие из Москвы. Снабжение осажденного гарнизона продовольствием прекратилось. Во время восстания запасы продовольствия в городе сгорели в огне. В мае осажденные уведомили Сигизмунда III о том, что смогут продержаться в Москве не более трех недель, если им не будет оказана немедленная помощь и они не получат фураж для лошадей.
После нескольких вылазок интервентов с целью нанести поражение ополченцам и вялых попыток Ляпунова штурмовать засевших за крепостными стенами поляков московский гарнизон засел в глухую осаду в ожидании помощи от короля.
Поляки удерживали и Арбат, и Новодевичий монастырь, откуда начиналась Большая Смоленская дорога. Но она проходила через уезды, охваченные восстанием. Крестьяне, вооруженные залами, топорами, дубинами, на свой страх и риск вели борьбу с интервентами. Те называли их презрительно «шишами», хотя и несли от них ощутимый урон. Так, в мае «шиши» разгромили дворянский конвой и отбили казну, которую боярское правительство выслало наемникам Яна Сапеги.
Решить стоявшую перед первым земским ополчением задачу, то есть изгнать интервентов и освободить Москву, Ляпунов был не в состоянии еще и потому, что с первых дней осады в рядах земской рати начался внутренний разлад. Классовая неоднородность ополчения, наличие в нем не только служилых дворян, но и казаков, среди которых было много беглых крестьян и холопов, порождали глубокие раздоры. Хотя казаки и «черные люди» с дворянами и детьми боярскими заявляли, что все они «в одной мысли», между ними лежала пропасть. Классовые противоречия не могли не привести к распаду первого ополчения.
При начальниках отдельных отрядов существовали собственные поместные и разрядные приказы, через которые они пытались управлять страной. Воеводы сами раздавали поместья, собирали «корма», отправляя на места своих людей. Такие посылки за «кормами» оборачивались зачастую грабежами и своеволиями.
Возникла необходимость создать временное русское правительство, определить его программу, объединить разрозненные отряды в единое войско. Активную роль объединителя взял на себя рязанский воевода. Временное правительство «троеначальников» (Прокопий Ляпунов, Дмитрий Трубецкой и Иван Заруцкий) было образовано лишь в мае 1611 года. Но единства в ополчении так и не стало: Заруцкий потакал казакам, у Ляпунова появились диктаторские замашки, он себя вел вызывающе высокомерно, князь Трубецкой считал себя по знатности и родовитости выше всех.
Был создан также «Совет всея земли», однако в нем не было посадских представителей. 30 июня 1611 года был принят «Приговор», составленный от имени «Московского государства разных земель царевичей, бояр, окольничих, дворян и детей боярских, атаманов и казаков». Он выражал в основном интересы дворянства и казачьей верхушки и поддерживал существовавшие крепостнические порядки. Большинство ополченцев из числа беглых крестьян и холопов попало в разряд «молодых» казаков. В целом «Приговор» был направлен против них и выражал прежде всего интересы дворянской части земского ополчения. Обещания, данные Ляпуновым в его грамоте при организации ополчения, оказались нарушенными. Казаки были крайне раздражены этим «Приговором». Назревал социальный взрыв.
Отношения между ними накалились еще более, после того как один из приверженцев Ляпунова, тушинский боярин Матвей Плещеев, учинил самосуд над 28 казаками, уличенными в грабеже, приказав утопить их. К тому же в руках у казаков оказалась грамота, умело подброшенная лазутчиками Гонсевского и якобы подписанная Ляпуновым, в которой они объявлялись разбойниками, врагами Русского государства.
«Приговором» и последующими действиями Ляпунов бросил открытый вызов казакам. Он не хотел считаться с тем, что люди, вкусившие свободу и взявшие в руки оружие, послушно не сложат его, что они не откажутся от воли, не будут слепо подчиняться дворянину-диктатору. 22 июля 1611 года казаки вызвали рязанского воеводу в свои «табор» для объяснений и «разнесли на саблях».