Разделавшись с восстанием в Поволжье, бояре стали более жестко действовать в отношении казаков. При всякой возможности они проводили «разбор», очищали станицы от беглых холопов и крестьян, возвращали их прежним господам. Опасаясь сопротивления, власти объявили, что намерены впредь решать дело по доброй воле и по челобитью самих казаков, «кто куда похочет». Ссылка на добрую волю не могла никого обмануть. Свобода, предоставленная казакам, была горше неволи. «А боярские люди, – значилось в боярском приговоре, – которые, отходя (сбежав) от бояр своих, были в казаках при боярах под Москвой до государева обиранья, а из казачества, которые похотят в холопы по прежнему к старым своим боярам, и тем боярским людям дана воля – повернуть в холопы к старым ли или к новым господам по выбору».
Эгоистическая политика правителей бояр, добивавшихся возвращения своих холопов и крестьян из казачьих отрядов, усилила брожение среди казачества по всей стране. Казаки не желали мириться с тем, что им, освободителям Москвы, приходилось бедствовать, а изменные бояре опять стали хозяевами положения. Один из героев земского движения, атаман Козлов, направляясь с армией под Новгород, реквизировал продовольствие и имущество в вотчинах Мстиславского и царицы Марфы Романовой. Повстречав на большой дороге игумена Кирилло-Белозерского монастыря, атаман велел снять с него соболью шубу.
Казацкие атаманы и местное население помогли воеводам разгромить вражеские отряды, бесчинствовавшие в Вологде, Каргополе, Двинской земле. Но война затягивалась, и в деревне становилось все более неспокойно. Вологодский край не знал дворянского землевладения. Большинство населения там составляли черносошные государственные крестьяне. Романовы не считались с традициями и жаловали вологодские земли своим придворным.
Поражение Трубецкого под Новгородом дало новый толчок движению казацкой вольницы. Покидая отступавшую армию, казачьи станицы отказывались идти на Москву, где их ждал «разбор». Не для того добровольцы брались за оружие и сражались со шведами, чтобы затем снова вернуться в неволю. На Севере и в Поморье казачьи отряды мгновенно разрастались. В казаки уходили мужики, холопы, стрельцы. Целое войско собралось под знаменами атамана Михаила Баловни. Правительство пыталось потушить вспышку казацких восстаний и вскоре добилось успеха. Баловня вступил в переговоры с воеводой Волынским о возвращении на государеву службу. Казаки послали в Москву атамана Титова с повинной, а затем и сами двинулись туда. Среди казаков одни служили в подмосковных ополчениях, другие сражались с оружием в руках против шведов и черкас. Они соглашались идти под Смоленск и сражаться с неприятелем при условии, что всех их определят в казаки и снабдят жалованьем. Казачий круг постановил: если государь велит разбирать, которые были в казаках боярские люди холопы или крестьяне, и им бы за то помереть всем за один, и идти по городам либо на Дон.
Под Москвой казаков ждала западня. Царь хитростью заманил Баловню и прочих предводителей казацкого войска в столицу и там арестовал их. Одновременно воевода Лыков ударил по казачьим таборам, не ожидавшим такого вероломства. Оставшись без вождей, казаки не смогли оказать сопротивления и побежали от столицы. Под Малоярославцем Лыков нагнал их и принудил к сдаче. Три тысячи двести пятьдесят казаков вернулись в Москву и там были «разобраны».
Бояре не слишком считались с прошлыми заслугами казаков. Многие атаманы и казаки, служившие в земском ополчении, попали в тюрьму. Бояре, сидевшие с поляками в Кремле, не забыли старых обид и жестоко отомстили казакам. Баловня и другие предводители были повешены. Многих казаков возвратили на холопскую службу.
Бремя войны стало непосильным для опустошенной, уставшей страны. Со всех границ в Москву шли неутешительные вести. Тщетно взывали о помощи Трубецкой из-под Новгорода и Черкасский из-под Смоленска. Полки Трубецкого, стоявшие в двадцати верстах от Новгорода, таяли от потерь и голода. В июле 1614 года воевода отдал приказ об общем отступлении. При отходе в войсках вспыхнула паника. Ратные люди искали спасения в лесах и болотах. Бывший земский правитель не помышлял об арьергардных боях. Он свернул с дороги в лес и долго блуждал в чаще, прежде чем добрался пешим до Торжка.
Под Смоленском воевода князь Дмитрий Черкасский поначалу добился успеха. Его войска выстроили крепкие острожки вдоль старой границы и блокировали смоленский гарнизон. В осажденном городе начался голод. Сдачи крепости ждали со дня на день. Но русским недоставало сил, чтобы завершить смоленскую войну. Без совета с Черкасским передовые отряды отступили из острожков в лагерь под Смоленск. Литовские войска пробились в крепость и доставили туда обозы с продовольствием. Воеводы, посланные на рубеж для строительства нового острожка, подверглись разгрому и потеряли более двух тысяч убитыми.