После убийства самозванца бояре приказали выбросить его труп за ворота на площадь, а сами, затворившись в Кремле от народа, совещались всю ночь. Наутро они объявили о низложении главы церкви патриарха Игнатия. Незадолго до переворота православные люди с Украины прислали к патриарху некоего львовского мещанина с грамотами. Гонец уведомил патриарха, что царь является тайным католиком. После гибели Лжедмитрия грамоты попали в руки бояр и были использованы думой для низложения патриарха. Боярская дума так же хорошо знала о вероотступничестве Отрепьева, как и глава церкви. Но отвечать за все пришлось одному Игнатию. На него бояре переложили вину за коронацию Лжедмитрия и Марины Мнишек. Грека с позором свели с патриаршего двора и заточили в Чудов монастырь.
Опасаясь народных волнений в стране, бояре спешили завершить дело избрания нового царя в течение одного-двух дней. При жизни Лжедмитрия заговорщики обещали корону польскому королевичу Владиславу. Бесчинства наемного войска, приведенного Мнишком, и последовавшие затем народные волнения привели к тому, что вопрос о передаче трона иноверному королевичу отпал сам собой. Ситуация претерпела разительную перемену, и боярам нетрудно было отказаться от своих обещаний Сигизмунду. Борьба с оппозицией поглощала все силы короля, и Москве не приходилось опасаться вооруженного вмешательства извне.
Решение избрать государя из московской знати положило конец единодушию думы, достигнутому в дни переворота. Слишком многие желали заполучить себе корону. Среди бояр начались распри, которым не видно было конца. Шуйский, Мстиславский, Романовы, Голицыны наперебой вербовали себе сторонников в думе и среди столичного населения. Дворяне поддерживали тех, к кому вхожи были в дома и кто их жаловал.
Правящие верхи не прочь были созвать Земский собор и пригласить на «царское избрание» представителей провинции. Положение в столице, однако, оставалось угрожающим, и боярам пришлось отказаться от своих намерений. Народ не выпускал из рук оружия. Кого бы ни избрала дума, ее ставленник не удержал бы власть без общего согласия. Обращение к народу оказалось неизбежным.
На третий день после переворота, едва члены думы съехались в Кремль, как по всему городу ударили в колокола. Скоро народ запрудил всю Красную площадь. Во дворце собрался импровизированный Земский собор. В его деятельности участвовали Боярская дума, духовенство, многие столичные дворяне, гости и торговые люди. Собор утвердил в качестве кандидатов на трон двух старших и знатнейших членов думы – князя Федора Мстиславского и князя Василия Шуйского. Окончательное решение думные чины предоставили всему православному народу. Взойдя на Лобное место, руководители собора представили населению намеченных кандидатов.
Мстиславский не был популярен в столице. Толпа промолчала, когда дьяк объявил его имя. Кандидатуру Шуйского народ встретил одобрительными возгласами. Это и решило исход дела. Наблюдавший за церемонией Конрад Буссов писал, что Шуйский стал царем по воле немногих бояр и князей и всех этих купцов, сапожников и прочих жителей Москвы. Шуйские в самом деле поддерживали давние связи с верхами московского посада и пользовались определенной популярностью в народе. При расстриге князь Василий едва не лишился головы как поборник православия. С крестом в руках он поднял толпу на еретика в день переворота.
С Лобного места бояре и посадские люди отвели князя Василия в кремлевский Успенский собор. Митрополит Крутицкий нарек его на царство и отслужил молебен по этому случаю.
У Василия Шуйского были сложные отношения с Боярской думой. Не прошло и года с тех пор, как бояре осудили его на смертную казнь. Многие из них боялись мести с его стороны. Чтобы заручиться поддержкой большинства в думе, нареченному царю пришлось составить особый документ – крестоцеловальную запись. Самодержец под присягой обязался без истинного суда с участием бояр не казнить дворян и не отнимать у их жен и детей вотчин и пожитков. По своему усмотрению царь мог «по суду и по сыску» приговорить к смертной казни черных людей – гостей и торговцев. Но и в этом случае он не должен был забирать имущество у семьи казненного. Шуйский обещал не слушать наветы, строго наказывать лжесвидетелей и доносчиков, судить всех истинно и по справедливости.
Обстановка в столице оставалась после переворота тревожной и неопределенной. Даже после наречения Шуйского бояре пользовались большей властью, нежели сам царь. Знать спешила выдвинуть проекты, клонившиеся к ограничению самодержавной формы правления.