Особенно долго длилось противостояние А. И с директивными органами по поводу В. М. Пролейко. Пролейко пришел в ГКЭТ при организации комитета в 1961 году. Он был первым руководителем Главной инспекции по качеству, а в 1967 году разделом электроники в Советском павильоне на Всемирной выставке Expo-67 в Монреале. В начале 1968 года он был назначен начальником Главного научно-технического управления (ГНТУ) МЭП, а вскоре стал членом коллегии МЭП. А.И. ценил его, и неоднократно представлял на должность своего заместителя.
В ЦК неизменно отклоняли эти предложения — начальник ГНТУ был слишком компетентным и независимым (хватало мороки и с министром, но что позволено Юпитеру, то не позволено быку). Не имея оснований просто его убрать, там старались скомпрометировать его в глазах министра.
То Пролейко по характеру туриста и путешественника обвиняли в том, что он, будучи невыездным, проводит отпуска на границах СССР: то на Кавказе, то на Памире, то на Камчатке и стало быть, ищет возможность сбежать за рубеж. То предложения начальника ГНТУ принять рекомендации МЭК по расположению выводов микросхем расценивались как пособничество Западу и т. д.
Подключили компетентные органы, представители которых несколько раз выдавали министру компромат с предложением освободить начальника ГНТУ от должности. А.И. наотрез отказывался это делать, пока ему будут подсовывать данные неведомого происхождения и анонимки. Он прямо заявлял, что подобные предложения являются возвратом к практике тридцатых годов, а вина человека может быть установлена только в судебном порядке.
Анализ многочисленных громких разоблачительных дел того времени дает веские основания считать, что все они были частями большой, хорошо спланированной кампании по дискредитации всей системы руководства СССР, особенно усилившейся с приходом к власти Горбачева. А.И. им никогда не обольщался, тем более, что Разумовский, заведовавший административным отделом ЦК предупреждал: "Вы не глядите на то, что Горбачев все время улыбается. Он вам еще покажет, мы-то его знаем. Старые кадры были новому генсеку не нужны, и дело было не в возрасте, а в мировоззрении. Свою "перестройку" он начал с ближнего окружения и первым был убран совсем еще нестарый Г. В. Романов. Новым куратором оборонки на недолгое время стал еще один выходец из Ленинграда Л. Зайков.
Затем началась смена министров.
В рамках этой кампании В. М. Пролейко был обвинен Прокуратурой СССР в незаконной передаче сотрудникам МЭП трех искусственных клапанов сердца из числа американских образцов, по которым в Минэлектронпроме шло воспроизведение отечественных клапанов. Он сразу признал факт этой передачи, которая, конечно, была безвозмездной. Благодаря этим трем клапанам была спасена жизнь двух человек. Следователи выстраивали свою версию на том, что "за просто так" получать такую медицинскую помощь прооперированным людям было "не положено", однако понимая, что обвинение только в таком гуманном поступке может не получить поддержку в суде, подтасовали еще несколько обвинений и арестовали Пролейко.
Осенью, после праздников дошла очередь и до увольнения А.И…
О том, что отставка произойдет скоро, он знал. Горбачев поехал в Зеленоград, но сопровождать себя приказал Колесникову. Да и сам А.И. уже достаточно давно подумывал об уходе. Последние годы работать ему было все тяжелее: и возраст сказывался, и нестабильная обстановка в верхах. Новые начальники, не зная с какого конца взяться за дело, пробовали в основном административные меры.
И по субботам теперь стали работать, и выговоры министрам объявлять. А.И. тоже получил выговор, то ли за телевизоры, то ли еще за какую-то ерунду.
Его вызвали в ЦК и предложили в отличие от многих других подать заявление самому, что он и сделал:
"Генеральному секретарю ЦК КПСС
товарищу Горбачеву Михаилу Сергеевичу
Дорогой Михаил Сергеевич!
В 1986 году исполнится 60 лет моего трудового и 50 лет партийного стажа. 53 года непрерывно работаю в оборонной промышленности. На всех участках, куда направляла меня Партия, я старался оправдать ее доверие и отдавал все силы для выполнения поставленных задач. 25 лет работаю Министром электронной промышленности, практически с начала создания этой отрасли. Я благодарю Партию и Вас лично, дорогой Михаил Сергеевич, за то постоянное доверие, которое постоянно оказывалось мне. В этом году мне исполнилось 76 лет, и состояние здоровья не позволяет быть уверенным, что я также могу в полной мере отдавать асе силы в последующие годы на данной должности. Прошу Вас освободить меня от занимаемой в настоящее время должности по состоянию здоровья.
А.И. Шокин
10 ноября 1985 г".
Немцы были едва ли не единственными, посчитавшими необходимым подвести итог этой долгой работе, начатой еще победном сорок пятом:
"Уважаемый товарищ Шокин!