На следующий день после выгрузки войск в Осло и начала обратного перехода, около полуночи, "Ягуар" обнаружил подводную лодку, и были сброшены глубинные бомбы. После войны стало известно, что рядом действительно находилась британская подводная лодка "Старлет". 15 апреля в 0 часов 5 минут сигнальщики "Бруммера" увидели следы трех торпед. Маневр уклонения увенчался частичным успехом, удалось уклониться от двух торпед, третья поразила цель. На учебно-артиллерийском корабле сдетонировал носовой погреб боезапаса, и носовая часть отломилась и затонула. Положение корабля было критическим. Поэтому большая часть экипажа перебралась на "F-5". Борьба за живучесть продолжалась до 6 утра. Несмотря на все усилия экипажа, вода продолжала поступать, крен составил 40° на левый борт. "Ягуар" снял аварийную партию. Вскоре "Бруммер" затонул.
4 июня " Ягуар", "Фальк", плавбаза "Хай", катера-тральщики и прорыватель заграждений обеспечивали развертывание линкоров "Шарнхорст" и "Гнейзенау" для операции "Джуно". Через два дня миноносец эскортирует вспомогательный крейсер "Тор", уходящий в рейд, с 10 по 12 июня он охраняет возвращавшийся из Норвегии крейсер "Нюрнберг". Вскоре состоялся обратный переход в Норвегию в охранение вспомогательного крейсера "Пингвин" и возвращение в Германию в составе эскорта линкора "Шарнхорст". Несмотря на противодействие британской авиации, корабли прибыли в Киль без повреждений. Через месяц "Ягуар" находился в охранении поврежденного линкора "Грейзе-нау". 26 июля погиб "Лухс", "Ягуар" и "Фальк" подбирали его экипаж.
В августе миноносец принимал участие в серии минно-заградительных операций" SW- 1" (7-8 августа), "SW-2" (14-15 августа) "SW- 3" (31 августа – 2 сентября). Серия постановок для " Ягуара" была завершена операцией "SW-o" (6-7 сентября). В этом же месяце корабль переводится в воды оккупированной Франции. Основными задачами на новом театре военных действий были разведывательные походы, несение дозоров, охранение прибрежных конвоев и минно-заградительные операции. В ночь с 8 на 9 октября 1940 года корабль, в составе 5-й флотилии, принимал участие в поиске у британского побережья. 27-18 октября миноносец в составе флотилии поддерживал операцию эсминцев. В ночь с 29 на 30 октября " Ягуар" и " Ильтис" поставили активное минное заграждение у Догера (операция " Альфред"). В ночь с 3 на 4 декабря в этом же районе было выставлено минное заграждение "Марианна". 16 февраля 1941 года на базе 5-й и 6-й флотилии миноносцев была сформирована новая 5-я флотилия.В конце февраля и в начале марта он принимал участие в минно-заградительной операции " Аугсбург А" (25-26 февраля), "Аугебург" (5-6 марта). 22 марта " Ягуар" встречал идущие в Брест после атлантического рейда линкоры "Шарнхорст" и "Грейзенау". Вечером "Ягуар" и "Ильтис" начали перебазирование в Норвегию. Переход проходил в условиях штормовой погоды. В районе Эгерзунда "Ягуар" потерял руль. С помощью "Ильтиса" и буксира "Зеефальке", он был приведен в Ставангер на ремонт на одну из норвежских верфей. Затем состоялся переход в Германию, а оттуда в составе небольшого конвоя в Роттердам.
20 апреля "Ягуар" становится к стенке одного из заводов. Работы были завершены 16 мая. С 16 июня "Ягуар" эскортирует конвой между датскими и норвежскими портами в проливе Скагеррак. 24 августа его передали торпедной школе и использовали в качестве учебного корабля, для обеспечения боевой подготовки подводных лодок. Следующей боевой операцией стал прорыв в Германию Брестской эскадры. 12 февраля миноносец вступил в охранение тяжелых кораблей, это произошло у мыса Гри Нет. Во время одного из налетов британской авиации бомба разорвалась у борта корабля, повреждения были незначительны, но 3 человека тяжело ранило, а 9 легко. Корабль пошел в Роттердам, ремонт занял несколько дней. Уже 21 февраля "Ягуар" находился в охранении тяжелых крейсеров "Адмирал Шеер", "Принц Ойген". Затем возвращение в Голландию.
В середине марта "Ягуар" принимал участие в проводке вспомогательного крейсера "Михель" через Ла-Манш. Во время английской операции против Сен Назера 23-26 марта экипаж миноносца пережил удивительное приключение, был обнаружен поврежденный вражеский артиллерийский катер "MGB-14" и взят на буксир. Но вскоре на сцене появились два британских эсминца. Буксир отдали, миноносец дал полный ход и ушел.