Основную часть источниковой базы исследования составили неопубликованные источники, которые хранятся в 13 фондах Российского Государственного архива Военно-морского флота (РГА ВМФ) и разделяются на следующие основные группы: рапорты и донесения командиров миноносцев и других кораблей эскадры, рапорты и донесения командующих Первой Тихоокеанской эскадрой и Тихоокеанским флотом, а также наместника царя на Дальнем Востоке Е.И. Алексеева; вахтенные журналы миноносцев; техническая документация на корабли Первой эскадры флота Тихого океана; материалы следственных комиссий, созданных для изучения некоторых аспектов боевых действий; предвоенные и утвержденные во время войны планы военных действий на море; неопубликованные аналитические работы по изучению боевого опыта войны на море в 1904- 1905 гг.; неопубликованные воспоминания непосредственных участников военных действий[63]
.Наиболее важное значение имеют написанные после войны рапорты и донесения командиров миноносцев, составленные по предписанию вышестоящего начальства, описывающие боевую деятельность их кораблей с указанием на необходимые изменения в их конструкции и вооружении. Эти рапорты, написанные непосредственными участниками событий на основе критического осмысления опыта прошедшей войны, очень важны при изучении войны на море в 1904-1905 гг. Отдельно следует выделить отчет о действиях флота в период обороны Порт-Артура, составленный заведующим прибрежной и минной обороной контр-адмиралом М.Ф. Лощинским. В нем большое внимание уделено вопросам взаимодействия флота и крепости. Подробно рассмотрены минные постановки, осуществленные миноносцами Первой эскадры флота Тихого океана.
Эти материалы отличаются полнотой и подробностью информации об основных аспектах деятельности миноносцев. Деятельность отдельных кораблей можно восстановить буквально по дням и часам, а некоторые эпизоды боевых действий отражены в документах с точностью до малейших деталей. Степень достоверности приведенной в данных документах информации достаточно высока, поскольку она, как правило, исходит от людей, непосредственно участвовавших в боевых действиях или от высшего флотского начальства, которое всегда тщательно анализировало происшедшие боевые столкновения и деятельность кораблей эскадры. Командиры миноносцев свои рапорты составляли на основе анкетирования членов экипажа своего корабля, а не только на основе личных впечатлений.
Наиболее объективными и беспристрастными источниками являются вахтенные журналы. В них деятельность кораблей рассматривается по дням и даже часам. Следует отметить, однако, что некоторые данные были опровергнуты более поздними историческими исследованиями. Так, например, по архивным источникам устанавливается гибель в бухте Керр броненосного крейсера типа «Асама» и в доказательство этого приводятся обмеры затонувшего судна. Но более поздними исследованиями была установлена гибель посыльного судна «Мияко».
Иногда потери некоторых кораблей японского флота, приводимые в архивных источниках РГА ВМФ, не подтверждаются официальными данными японской стороны. Вахтенные журналы миноносцев, являющиеся ценнейшим историческим источником, сохранились лишь на тех миноносцах, которые уцелели во время боевых действий. Вахтенные журналы за 1904 г. миноносцев Первой эскадры флота Тихого океана, погибших в ходе военных действий, не сохранились. Ценнейшим источником о действиях Первой эскадры флота Тихого океана является «Исторический журнал 1-го отряда миноносцев», в котором буквально по дням рассмотрена деятельность миноносцев 1-го отряда.
Высокой степенью достоверности обладает техническая документация на корабли Первой эскадры флота Тихого океана, и в первую очередь спецификации миноносцев, хранящиеся в РГА ВМФ. Это связано с тем, что миноносцы всегда строились в строгом соответствии с составленной спецификацией, малейшие отступления от которой строго наказывались, и если миноносец строила зарубежная фирма, то за любые отклонения ее могли подвергнуть штрафным санкциям. Важное значение имеют архивные документы по техническому состоянию миноносцев Первой эскадры флота Тихого океана в различные периоды их боевых действий.
Рассматривая степень сохранности архивных источников, следует признать ее невысокой. Значительная часть документов до наших дней не сохранилась, так как при капитуляции Порт-Артура была спасена лишь незначительная часть документов Первой эскадры флота Тихого океана. Большая часть документов была уничтожена, поскольку она могла попасть в руки противника. Колоссальное количество документов погибло при взрыве флагманского броненосца «Петропавловск», поэтому в фонде адмирала С.О. Макарова сохранилось лишь три дела, относящихся к периоду его командования русским Тихоокеанским флотом во время войны. Документы о действиях миноносцев Первой эскадры флота Тихого океана, составленные после военных действий, также сохранились не полностью. Так, например, лишь частично сохранились рапорты командиров миноносцев, написанные после войны.