Несмотря на то, что объем работ по изделию «99» был значительно больше, чем на МнГ-25М, провести их удалось довольно быстро. На дозвуке получили неплохую дальность — более 3000 км, но на сверхзвуке этот рубеж оставался труднодостижимым.
Осенью 1975 г. начались испытания опытного самолета МиГ-25МП (прототипа перехватчика МиГ-31) с этими же двигателями, и интерес к изделию «99» пропал, хотя они продолжали полеты уже в качестве летающих лабораторий для отработки силовой установки перехватчика МиГ-31.
Создание на базе транспортного Ил-76 танкера Ил-78 позволило в конце 80-х рассмотреть предложение об установке систем дозаправки на самолеты тактической авиации и авиации ПВО. Переоборудованию подвергались как самолеты нового поколения — МиГ-29, МиГ-31 и Су-27,- так и старые типы.
Сначала доработку провели на одном из перехватчиков МиГ-25ПД (обозначен как МиГ-25ПДЗ). Выдвижная штанга располагалась несколько впереди и справа от фонаря, носовая часть самолета была удлинена.
Испытания проходили сложно, но проблемы решались одна за другой, и в конце концов была доказана высокая эффективность системы и подготовлено предложение по оборудованию ею ранее выпущенных МиГ-25. Однако, решили, что целесообразнее комплектовать системой дозаправки более современные перехватчики МиГ-31.
Кроме перехватчика дозаправочным оборудованием пытались оснастить и разведчики. Доработанные машины обозначались МиГ-25РБВДЗ и МиГ-25РБШДЗ. Как и на перехватчиках, носовая часть этих машин удлинялась, штанга располагалась справа, но вынос ее вперед от фонаря был значительным. Отработки проходили в конце 80-х годов, то есть в то время, когда вовсю шли испытания более перспективного тактического разведчика Су-24МР, уже оснащенного системой дозаправки. Поэтому было решено, что работать в этом направлении с самолетами МиГ-25 нет смысла.
Для отработки и летных испытаний нового типа двигателя, предназначенного для нового многофункционального истребителя, в 1991–1992 годах им (при втором «родном») был оснащен один из перехватчиков МиГ-25ПД. Самолет-лабораторию обозначили как изделие «84–20». Испытания проходили в том числе и на сверхзвуке и сопровождались сложностями, связанными, в основном, с принципиально новой системой управления двигателем и его большей тягой. В целом они завершились успешно.
Возможности самолета позволили использовать его в качестве летающей лаборатории для отработки новых систем и оборудования. Например, в ЛИИ на самолете МиГ-25РБ провели испытания навигационной системы «Трапеция», предназначенной для одной из новых крылатых ракет.
По программе «Буран» использовались три самолета — МиГ-25РУ, МиГ-25ПУ и МиГ-25РБ.
МиГ-25РУ был переоборудован в ЛИИ для испытания средств спасения экипажа «Бурана» — катапультируемого кресла К-36РБ. Манекен покидал самолет из задней кабины, кинокамеры, установленные на фюзеляже, фиксировали этот процесс. После закрытия программы машину использовали для испытаний других типов катапультируемых кресел.
На одном из самолетов МиГ-25РБ вместо стандартного разведывательно-бомбардировочного комплекса установили и подвесили в контейнерах на пилонах радиосвязную, телеметрическую и другую аппаратуру специального назначения для исследований по программе «Буран».
Но самый большой объем работ по программе выпал на долю МиГ-25ПУ, обозначенного после переоборудования МиГ-25ПУ-СОТН. Летающая лаборатория предназначалась для отработки алгоритмов траекторного управления многоразового воздушно-космического корабля, телеаппаратуры, автоматики в режиме снижения, для тренировок будущих экипажей «Бурана», сопровождения одного из опытных прототипов ВКК (изделие 002) на этапе летно-конструкторских испытаний.
С самолета могла вестись кино- и видеосъемка. Испытания проходили в несколько этапов в течение 1985–1987 годов. Как известно, первый полет «Бурана» выполнялся в беспилотном режиме, и телетрансляция его мягчайшей посадки обеспечивалась именно МиГ-25ПУ-СОТН. Перехват советского «челнока» и его сопровождение до земли выполнил летчик-испытатель Магомед Толбоев.
Позднее машина применялась для оптико-телевизионного наблюдения процесса испытаний других летательных аппаратов.