Практически же страной управляли наместники (генеральные статхаудеры), родственники правителей: в 1507–1530 гг. — Маргарита Австрийская, тетка Карла V, в 1531–1555 гг. — Мария Венгерская, его сестра. Они действовали в интересах династии, поэтому Нидерландам приходилось выделять деньги на военные кампании Габсбургов и выступать в роли плацдарма для ведения военных действий. При наместнике существовал Государственный совет, в котором состояли виднейшие дворяне Нидерландов.
Все нидерландские земли в 1512 г. были объединены в так называемый Бургундский округ империи, куда входило также графство Бургундия (Франш-Конте). Прежняя политическая независимость герцогств, графств и епископств была ликвидирована, они превратились в провинции единого государства.
К нидерландским землям, которые перешли к Габсбургам в качестве «бургундского наследства», Карл V путем мирных соглашений и захватов присоединил еще несколько областей: в 1524 г. Фрисландию, в 1528 г. епископство Утрехтское, а также отделившуюся от него область Оверэйссел, в 1536 г. Гронинген и Дренте, в 1543 г. Гелдерн. В итоге в Бургундский округ вошли 17 провинций: герцогства Брабант, Лимбург, Люксембург, Гелдерн; графства Фландрия, Артуа, Геннегау (Эно), Голландия, Зеландия, Намюр; сеньории Фрисландия, Мехелен, Утрехт, Оверэйссел, Дренте, Гронинген, Лилль (с Дуэ и Орши). В дальнейшем Бургундский округ мог наследоваться только в нераздельном виде, что и было закреплено Прагматической санкцией 1549 г.
В каждой провинции был статхаудер (наместник), обладавший значительной военно-административной властью. Статхаудер подчинялся наместнику императора в Нидерландах. В то же время важную роль продолжали играть Генеральные штаты. Они представляли, главным образом, интересы дворянства и богатого купечества. Генеральные штаты имели право утверждать налоги, решать вопросы о мире и войне, организовывать сословные суды.
В каждой провинции действовали Провинциальные штаты, вотировавшие налоги на местном уровне, а также провинциальные административносудебные и финансовые учреждения. Сохранялось и самоуправление в городах. Каждая провинция или город имели свои особые вольности, привилегии и автономию.
В период правления Карла V Нидерланды оставались одной из самых богатых стран Европы, передовой в экономическом отношении, и давали 45 % доходов в казну империи. Вхождение в империю Габсбургов обеспечивало стране определенные преимущества, особенно в области торговли.
Самой важной отраслью хозяйства было производство шерстяных тканей. Но в первой половине XVI в. здесь оживилось также производство специализированных товаров и предметов роскоши, ориентированное на экспорт.
Провинции Нидерландов не были однородны в хозяйственном отношении. Быстрее всего развивались Фландрия и Брабант, богатейший город которого Антверпен к середине XVI в. стал первым портом Европы, центром мировой торговли и кредита. Но и прежние экономические центры Фландрии и Брабанта не пришли в полный упадок. В них стали развиваться новые отрасли ремесла — производство плюша в Брюсселе, полотна в Генте, Ипре и Куртре. Во многих городах Фландрии и Брабанта процветало кружевное дело.
Северо-западные провинции, Зеландия и Голландия, экономически уступали Фландрии и Брабанту. В них развивались производство шерсти, маслоделие, пиво- и мыловарение. Важнейшее место занимали рыболовство (лов сельди и ее засол), торговля, судостроение. Последнее составляло основу, на которой зиждилось не только рыболовство, но также и заморская, и в значительной степени внутренняя торговля по рекам и каналам.
Торговые города Северных провинций не могли сравниться с блистательным Антверпеном, но в сумме составляли для него мощное дополнение, а иногда и сильный противовес. С распадом Ганзейского союза к голландским портам, в частности к Амстердаму, перешли торговля хлебом и ловля сельди на Балтике. В XVI в. Голландия, получив право свободного провода своих судов через пролив Зунд, стала монополистом в торговле этого региона.
Таким образом проявлялась явная разнонаправленность торговых интересов нидерландских провинций: северные области имели более прочные связи с Прибалтикой и Северной Европой, южные — с Испанией и Средиземноморьем.
Земледелие господствовало в юго-восточных провинциях Нидерландов — Люксембурге, Геннегау, Артуа, Намюре, где имелось многочисленное дворянство и во многом господствовали феодальные отношения. Следует отметить, что при всей динамике развития ремесел и торговли, в хозяйственной жизни Нидерландов аграрный сектор сохранял важнейшее значение, отмечался рост товарности сельского хозяйства, увеличение капиталовложений в сельскохозяйственное производство (особенно в экономически развитых областях страны, где отмечался рост вложений в культивирование технических культур). Мясо, скот, молочные продукты шли на экспорт, за счет импорта покрывался недостаток зерновых.