В первые десятилетия правления Елизаветы ее умеренная политика обеспечила религиозный мир, однако с конца 70-х годов обострились противоречия властей как с католиками, так и со сторонниками радикальной реформации. Елизавета ужесточила меры против всех, кто не признавал англиканскую церковь. От католиков требовали подписки о признании королевы главой церкви, без которой они не допускались к государственным должностям, не могли получить университетской степени. С другой стороны, ужесточился надзор за священниками, склонными к кальвинизму.
Сторонников очищения англиканской церкви от «пережитков папизма» называли пуританами (от лат. purus — «чистый»). Теологическая и политическая доктрина пуритан была близка к кальвинизму. Во второй половине XVI в. пуританское движение приобрело множество сторонников в самых разных слоях общества, но преимущественно среди зажиточных горожан, которым импонировала кальвинистская этика набожности, трудолюбия и аскетизма. В 60-70-е годы XVI в. пуритане надеялись, что Елизавета продолжит реформу церкви, упразднит иерархию духовенства. Однако она усмотрела в их требованиях угрозу своему авторитету главы англиканской церкви. Лишившись надежды на поддержку властей, пуритане развернули в 70-90-е годы критику существующей церкви в парламенте, созвали национальный Синод пуританских священников и разработали тактику скрытого насаждения «пуританства в англиканстве»: сохранять видимость подчинения церковным властям, а на деле вести богослужение по кальвинистскому образцу. Для разоблачения их деятельности в 1583 г. была учреждена особая комиссия, перед которой каждый священник приносил присягу на верность англиканству. Деятельность комиссии вызвала острые дебаты в парламенте о правах подданных в вопросах веры. К концу XVI в. в среде пуритан выделилось умеренное направление пресвитериан, которое требовало подчинить церковь общенациональному Синоду духовенства, и более радикальное течение — индепендентов, отвергавших единство церкви и выступавших за полную независимость общин верующих как от светских, так и от церковных властей.
Правление Елизаветы I нередко называют «золотым веком» Англии. Это связано с успехами ее экономической политики, основывавшейся на принципах протекционизма. Королева активно поощряла развитие горного дела и металлургии, под ее эгидой и при непосредственном участии были созданы первые паевые товарищества в этих отраслях. Она выдавала лицензии и патенты тем, кто внедрял новые технологии. В то же время в традиционных производствах Елизавета I покровительствовала цеховым организациям и поощряла «ливрейные компании» лондонского Сити.
Протекционизм во внешней торговле выражался в таможенной политике, благоприятствовавшей вывозу английских товаров, и в активном поощрении купеческих компаний, получавших королевские хартии и монопольные права на ведение торговли. В правление Елизаветы I к существовавшим ранее компаниям «купцов-авантюристов», Испанской и Московской добавились Балтийская (Эстляндская), Берберийская (Гвинейская), Левантийская и Ост-Индская.
Однако государственное регулирование в сфере производства и торговли имело и оборотную сторону. В правления купеческих компаний королева нередко вводила своих чиновников или аристократов, давая им возможность обогатиться. Недовольство предпринимателей и купечества вызывало предоставление торговых монополий кому-либо из придворных, в то время как купцам приходилось выкупать у него право на торговлю. В 70-80-е годы торгово-предпринимательские слои мирились с тем, что корона присваивает себе часть их прибыли, однако в 90-е годы они уже начали выступать против монопольных привилегий с лозунгом «свободы торговли».
Несмотря на свое островное положение, Англия не была в числе лидеров в начале Великих географических открытий, если не считать организованных Генрихом VII плаваний Джованни и Себастьяно Кабото (Кабот), обследовавших побережье Северной Америки и район Ньюфаундленда и открывших для Англии богатейшие рыбные промысловые районы.
Следующая экспедиция была предпринята только в 1553 г. под предводительством X. Уиллоуби и Р. Ченслера, в результате ее в 1554 г. были установлены дипломатические отношения с Московией. Получив от Ивана Грозного привилегии на русском рынке, английская Московская компания основала свои фактории в Холмогорах, Ярославле, Вологде, Устюге, Пскове и Новгороде. Дальнейшие поиски морского пути в Индию англичане сочли бесперспективными, но обнаружили в Московии выгодный торговый путь в Персию по Волге и Каспию. Московская компания экспортировала в Россию сукна и оружие, а вывозила пеньку, корабельный лес, мед и воск.