Укрепляя свои позиции на Британских островах, Тюдоры столкнулись с давней проблемой непокорного северного соседа — Шотландии, отстаивавшей свою независимость от посягательств англичан. Между двумя странами издавна существовали торговые связи, но не менее стойкой традицией были пограничные конфликты, частные войны английских и шотландских магнатов, грабеж и угон скота. Тюдоры попытались разрушить традиционный франко-шотландский альянс: Генрих VII выдал свою дочь за короля Шотландии Якова IV Стюарта, однако это не обеспечило желанного «вечного мира», англо-шотландские войны вскоре продолжились.
Антагонизм двух британских корон питался глубокими различиями обеих стран. Ввиду более сурового климата, возвышенного рельефа, менее обширных и плодородных пахотных земель значение скотоводства в Шотландии было выше. В противоположность Англии, феодально-клановый уклад Королевства скоттов как в горной (Highlands), так и равнинной (Lowlands) его частях оставался почти незыблемым, с весьма слабыми признаками зарождения новых форм производства и торговли и новых социальных слоев. Города (бурги) заметно уступали английским по числу, населенности и благосостоянию. О большей однородности и консерватизме общественного строя свидетельствует однопалатный парламент Шотландии, в котором рядом с титулованной знатью заседали представители духовенства, горожан, среднего и мелкого дворянства (лэрдов), причем присутствие последних постепенно расширялось. Самобытная шотландская судебно-юридическая система основывалась не на праве прецедента, а в значительной мере на римских нормах. В законодательстве, делопроизводстве и литературных сочинениях использовался народный язык (Scots), который к этому времени значительно отдалился от английского, а добрая половина страны говорила на гэльском, родственном ирландскому. В эту эпоху авторитет королей из дома Стюартов заметно укрепился, хотя нередкие случаи ранней или насильственной смерти монарха приводили к регентству и временному упадку центральной власти, которая, располагая ограниченными возможностями, так и не пришла к абсолютизму.
В 1542 г. после смерти Якова V корону унаследовала правнучка Генриха VII Тюдора малолетняя Мария Стюарт, которую в детстве отправили во Францию (где позднее она станет женой короля Франциска II), в то время как Шотландией правила ее мать — регентша Мария Лотарингская, из рода Гизов. Она опиралась на французские войска, расквартированные в Шотландии, французы занимали ключевые посты при дворе, что вызывало недовольство местных лордов и дворянства. Стала усиливаться проанглийская партия, ее влияние возросло в связи с начавшейся в стране Реформацией. В середине века в Шотландии получили распространение кальвинистские идеи. Вдохновителем Реформации был Джон Нокс (ок. 1512–1572), с 1549 г. живший в Англии, а в период правления Марии Тюдор эмигрировавший в Женеву. По его инициативе был создан союз кальвинистов — Ковенант, выступивший за свержение королевы-католички, изгнание французов и союз с Англией. В 1559 г., после пылкой проповеди Нокса, по стране прокатилась волна иконоборческих погромов и бунтов. Разгорелась война между кальвинистами и католическим дворянством, поддерживаемым французами. Елизавета I оказывала помощь шотландским протестантам, а затем открыто вступила в войну. Кандидатуру Марии Стюарт, имевшей права на английский престол, поддерживали папа римский и католические государи, считавшие Елизавету незаконнорожденной узурпаторшей. В 1559 г. Мария и Франциск II официально приняли титул английских королей, но это лишь подстегнуло англичан, чей флот помог шотландским протестантам одержать решительную победу. Триумф протестантов увенчался в 1560 г. подписанием Эдинбургского договора, по которому французские и английские войска покидали Шотландию, а управление страной перешло к Совету из 12 высших лордов королевства. Кальвинисты, получив свободу вероисповедания, приступили к секуляризации церковных имуществ, санкционированной «Реформационным парламентом», хотя его легитимность была сомнительна и католическая церковь какое-то время сосуществовала с пресвитерианской. Последствия Реформации, как и всюду, были противоречивы: с одной стороны, более «демократическая» организация церкви и рост уровня образования прихожан, с другой — религиозная нетерпимость, гонения на изобразительное искусство, музыку и театр.