Орден был разделен на области, возглавляемые начальниками — комтурами и фогтами. Центром комтурства или фогтства являлся замок (бург). В бургах проходили собрания рыцарей — конвенты; в каждом конвенте участвовало по 12–20 рыцарей под председательством комтура или фогта. Конвенты выносили решения по административным, военным и хозяйственным вопросам, вершили суд, ведали обеспечением порядка. Войско ордена подчинялось верховному военачальнику — маршалу. Высшая власть принадлежала магистру, которого пожизненно избирал конвент высших орденских чинов, а утверждал великий магистр (гроссмейстер) Тевтонского ордена. На Ливонский орден распространялась власть нескольких суверенов: тевтонского гроссмейстера, императора Священной Римской империи и римского папы. Важные вопросы внутренней и внешней политики обсуждались на сословных собраниях ордена, состоявших из четырех курий — «сословий» (нем. Stand). В первую курию входили архиепископ и епископы, во вторую магистр и его приближенные, в третью — представители дворянства Ливонии, в четвертую — делегаты от городов.
Полноправные члены Ливонского ордена назывались «братьями»; до XVI в. их численнность достигала 400–500 человек. Все ливонские «братья» происходили из незнатных дворянских родов. Кроме них в орден входили священники и так называемые полубратья — ремесленники и служащие. Из братьев и их вооруженных отрядов состояла тяжелая рыцарская конница — основа войска. Помимо того, у ордена имелись вассалы, получавшие за службу лены. Держателями крупных ленов являлись немецкие рыцари. Контингент мелких ленников был пестрым как по этническому происхождению, так и по социальному составу: в него входили, в частности, бюргеры, мелкие служащие и даже крестьяне. Для ведения крупномасштабных боевых действий рыцарской конницы «братьев» и вассалов-ленников не хватало; с конца XIV в. ордену подчас приходилось пользоваться услугами наемников.
Сельское население латвийских и эстонских земель было организовано в общины, возглавляемые старейшинами, со временем — старостами, которых назначали помещики. Имелись крестьянские суды под председательством орденских фогтов; заседателей судов (из зажиточных крестьян) поначалу избирали общинники; впоследствии их стали назначать помещики.
Крестьянская рента, как правило, была смешанной: барщина, натуральный и денежный оброк. С XIV в. помещики, поставлявшие на рынок хлеб, стремились расширить барщинное хозяйство. Следствием стало прикрепление крестьян к земле и расширение барской запашки — нередко за счет сгона сельских домохозяев с обжитых мест, а также путем присвоения земель крестьян, убитых на войне, погибших от эпидемий, повстанцев и беженцев.