Между тем, пользуясь противоречиями в стане парламента, Карл I готовил новую войну. Он привлек на свою сторону шотландских пресвитериан и бежал на остров Уайт. Опасность, исходившая от роялистов, заставила пойти на сближение индепендентов-грандов, левеллеров и агитаторов. В результате на совете руководителей армии в Виндзоре в апреле 1648 г. Карл I был официально признан преступником за тягчайшие преступления против Божьего дела и нации.
Началась Вторая гражданская война. Разгромив мятежи роялистов на Западе и Юго-Востоке, Кромвель двинулся на Север и в битве при Престоне 17 августа 1648 г. разбил шотландцев, сражавшихся теперь на стороне короля. К концу месяца война фактически была закончена. Несмотря на склонность пресвитерианской части парламента к очередному компромиссу с королем, индепенденты в союзе с левеллерами решили судьбу английской монархии. Армейские офицеры перевезли Карла I с острова Уайт в замок, откуда он не мог бежать. 6 декабря произошла так называемая «Прайдова чистка»: отряд под началом полковника Прайда занял вход в парламент и не пропустил туда пресвитериан, готовых к сделке с королем. Индепенденты, оставшись в парламенте в большинстве, в декабре 1648 г. приняли решение о суде над королем. 4 января 1649 г. парламент провозгласил себя носителем верховной власти в стране: Англия фактически стала республикой, а в мае республику провозгласили официально. Назначенный парламентом Верховный суд после долгих колебаний вынес Карлу I смертный приговор. 30 января 1649 г. король был обезглавлен. В марте 1649 г. была упразднена Палата лордов и отменена королевская власть «как ненужная, обременительная и вредная для свободы».
Политический радикализм английских революционеров сочетался с социальным консерватизмом. Весной 1649 г. последовал окончательный разрыв индепендентов, составлявших отныне большинство в однопалатном парламенте Республики, с левеллерами. Лильберн, назвавший власть индепендентов «новыми цепями Англии», вместе со своими сторонниками был брошен в Тауэр. Борьбу за «Народное соглашение» возглавили «армейские» левеллеры. В войсках вспыхнуло восстание, жестоко подавленное Кромвелем. Трагедия движения левеллеров во многом объяснялась тем, что в основе их концепции «народного суверенитета» лежало ограниченное социальное содержание самого понятия «народ», которое, отделяя непривилегированные сословия от джентри, одновременно исключало неимущие слои города и деревни.
Демократическое разрешение аграрного вопроса в интересах крестьянства Англии предлагали «истинные левеллеры». Это движение, возглавленное Джерардом Уинстенли, возникло весной 1649 г. и являлось отражением надежд крестьянства на то, что с уничтожением королевской власти станет возможно переустроить жизнь на основах справедливости. Уинстенли писал о том, что в стране не может быть истинной свободы, пока земля остается в собственности лордов и что революция, уничтожившая власть короля, не может считаться законченной, если осталась власть лордов над копигольдерами. В памфлете «Закон свободы», представлявшем проект переустройства общества на основе отмены частной собственности на землю, он писал о том, что справедливость может проявляться в виде признания земли общим достоянием народа. Когда Уинстенли и 30–40 его сторонников начали сообща вскапывать не принадлежавшую им, но пустующую землю в графстве Суррей (откуда и возникло их прозвище — «диггеры», т. е. «копатели»), против них, несмотря на мирный характер движения, ополчились все партии, включая левеллеров: ведь диггеры посягнули на принцип неприкосновенности частной собственности. Движение было подавлено. Поражение левеллеров и «истинных левеллеров» сузило социальную базу индепендентской республики, предопределив тем самым неизбежность ее крушения.
1649–1653 гг. в истории республики известны как годы «завоевания Ирландии». Контроль над ней со стороны Англии ослаб во время гражданских войн, и в 1641 г. ирландцы-католики восстали против протестантски настроенной английской администрации, создав католическую Конфедеративную Ирландию. Для усмирения конфедератов и конфискации их земель в Ирландию прибыли войска Кромвеля, жестоко подавившие восстание. Ирландские католики были вынуждены перебираться на крайний Запад страны или эмигрировать, а их земли раздавались английским сторонникам Кромвеля. Постепенно в стране сформировался слой земельных собственников, принадлежавших к протестантской административной элите — выходцам из Англии и Шотландии.
Схожие черты имела и политика в Шотландии, где сын казненного Карла I был провозглашен королем под именем Карла II. Войска Кромвеля вторглись в страну и разгромили шотландцев в битве при Денбаре (1650 г.), а затем в сражении при Вустере (1651 г.). Ударом по господству старинных кланов стала конфискация большей части земель шотландской аристократии.
Однако часть среднего и мелкого дворянства Шотландии после уплаты штрафов сохранила свои владения.