Декабрь 1641 — январь 1642 гг. были отмечены открытым противостоянием короля и палаты общин и началом памфлетной войны. Карл I уехал из Лондона на Север, чтобы собрать силы для вооруженной борьбы. В августе 1642 г. в Ноттингеме был поднят королевский штандарт: это стало началом Первой войны между королем и парламентом.
В целом, на стороне парламента выступили предприниматели, новое дворянство, йомены, торговцы, ремесленники и подмастерья преимущественно Восточной и Юго-Восточной Англии. Сторонники парламента именовались «круглоголовыми» (по форме короткой стрижки пуритан). На стороне короля выступали крупные землевладельцы-аристократы (преимущественно из «роялистских» северных и северо-западных графств, а также из Уэльса и Корнуолла), придворные, королевские чиновники, генералитет, англиканский епископат. Сторонники короля (роялисты) получили название «кавалеров».
Размежевание лагерей по социальному признаку совпадало в основном с разделением страны по признаку религиозному. Католики и англикане выступили на стороне короля, в то время как представители обоих основных течений пуританизма (пресвитериане и индепенденты) — на стороне парламента. Со временем эти религиозные течения все более приобретают политическую окраску: выделяются так называемые «пресвитериане в парламенте» («политические пресвитериане») и так называемые «индепенденты в парламенте» («политические индепенденты»). Первые рассматривали войну лишь в качестве средства добиться соглашения с королем на предмет ряда полезных для них уступок — преимущественно в вопросе о собственности. Вторые были готовы вести войну с королем до победного конца.
На начальном этапе войны армии не имелось ни у короля, ни у парламента. Единственной военной силой в стране была милиция (ополчение). Преимуществом парламента являлся контроль над Лондоном и его милицией, а также над военным флотом и основными портами страны.
В начале Первой гражданской войны (1642–1646) ярко проявил себя член палаты общин Оливер Кромвель (1599–1658). Из числа «крепких» йоменов-пуритан он создал ядро армии парламента — кавалерию кирасиров-«железнобоких». Тем не менее до лета 1644 г. материальное и военное преимущество было на стороне короля. В июле 1643 г. роялистам сдался Бристоль. На Севере они нанесли поражение части армии парламента; даже Лондон оказался под угрозой, но был спасен благодаря усилиям лондонской милиции. Лишь 2 июля 1644 г. в одном из решающих сражений — битве при Марстон-Муре — армия Кромвеля одержала победу над королем.
Бедствия английской деревни во время войны, усугубленные наступлением джентри (ставших в ходе революции полными собственниками земли) на права крестьян, привели в это время к ряду крестьянских выступлений в разных частях страны.
В середине 40-х годов позиции пресвитериан в парламенте несколько ослабли, что позволило индепендентам во главе с Кромвелем добиться перестройки армии. Вместо отрядов милиции и наемников при активном участии Кромвеля была создана единая регулярная армия «новой модели», состоявшая из добровольцев, поддерживавших парламент. Предусматривалось централизованное командование этой армией и ее содержание за счет государственных средств. На основании так называемого «билля о самоотречении» 1644 г. состоявшие в армии члены парламента должны были отказаться от своих командных постов. Совмещение было разрешено лишь одному члену парламента — Кромвелю, так много сделавшему для армии. К весне 1645 г. в армии «новой модели» насчитывалось 22 тыс. чел.; ударной ее силой стал шеститысячный отряд кавалерии «железнобоких». Главнокомандующим армии был назначен Томас Ферфакс, его помощником — Кромвель; среди ее командного состава имелись выходцы из народа: полковники Фокс, Прайд, Хьюсон, в недавнем прошлом являвшиеся соответственно котельщиком, извозчиком, сапожником. 14 июня 1645 г. армия «новой модели» разгромила роялистов в решающей битве при Нэсби. Король бежал на Север и в начале мая 1646 г. сдался в плен шотландцам, которые за сумму 400 тысяч фунтов стерлингов выдали его парламенту. Эти события положили конец Первой гражданской войне.
После победы при Нэсби пресвитериане парламента считали свои задачи выполненными. Уже во время войны парламент широко прибегал к конфискации земель у короля, епископата и прочих его активных сторонников. У парламента сосредоточился огромный земельный фонд — до половины всех земель страны. Однако имело место и «обратное» движение земли к роялистам, скупавшим ее через подставных лиц в парламенте.