Семь северных нидерландских провинций: Гелдерн (Гельдерн), Голландия, Зеландия, Утрехт, Фрисландия, Оверэйссел и Гронинген, а также область Дренте, не имевшая представительства в Генеральных штатах, — вошли в состав Республики Соединенных провинций, высшим органом государственной власти которой являлись Генеральные штаты. Хотя исторически они были связаны с ранее существовавшими Генеральными штатами, их полномочия значительно выросли: теперь они имели право решать вопросы войны и мира, заключать договоры с другими странами. Каждая провинция имела в них один голос. Генеральные штаты издавали общие законы, вотировали налоги, контролировали деятельность высших административных и судебных учреждений, утверждали в высших должностях. Но процедура принятия решения была очень сложна. Депутатам приходилось выполнять наказ своих избирателей, и решение принималось только единогласно.
Первое место в аппарате Генеральных штатов занимал великий пенсионарий провинции Голландия. Должность статхаудера в республике была сохранена, хотя уже не было короля, чьи интересы он раньше представлял. Как правило, на эту должность избирали представителей династии Оранских-Нассау. Статхаудеры обладали большой военной и административной властью и обычно занимали этот пост сразу в нескольких провинциях. В период войны статхаудер являлся главнокомандующим армией и флотом, в мирное время — главным капитаном армии и главным адмиралом флота. Однако в мирное время его права не были четко определены. В Генеральных штатах статхаудер имел лишь право совещательного голоса.
Значительно были урезаны права занимавшегося военными делами и финансами Государственного совета; к началу XVIII в. большая часть его полномочий перешла к Генеральным штатам. Но и их могущество в Республике было кажущимся: их полномочия ограничивались решением лишь вопросов, относящихся к Унии (союзу провинций). А верховная власть по сути находилась в руках суверенных провинций, и депутаты от каждой их них исполняли волю избирателей. Важные вопросы депутаты должны были представлять на рассмотрение местных органов управления, Провинциальных штатов. Добиваться в Генеральных штатах необходимого для принятия решения единогласия семи провинций удавалось с трудом. Императивный мандат депутатов нередко затягивал на месяцы и даже годы решение даже таких вопросов, как увеличение армии или участие в войне.
Споры в Генеральных штатах возникали не только из-за различия интересов провинций. На протяжении всего периода республики в ней существовали две основные противоборствующие силы. Одну из них представлял статхаудер, вокруг которого группировалась партия оранжистов, основу ее составляли аристократы. Оранжисты поддерживали стремление статхаудера стать первым лицом государства, выступали за более тесное объединение провинций республики и даже фактическое превращение страны в унитарную монархию. Поэтому их еще называли унитаристами.
Оранжистам противостояли «республиканцы» — партия купеческой олигархии Голландии. Великий пенсионарий провинции Голландия являлся одной из ее главных фигур. Партия «республиканцев» объединяла депутатов Провинциальных штатов, регентов провинций и городов, купечество. Регенты образовывали замкнутую группу очень влиятельных и богатых людей. Они занимали важные должности в городском управлении и в Провинциальных штатах, обладали большой властью в фискальных и судебных делах, местной экономике. Республиканская партия, отстаивая принцип суверенности провинций, стремилась ослабить власть Генеральных штатов и решать дела Унии в интересах прежде всего провинции Голландия.
Борьба за власть между республиканской и оранжистской партиями сопровождалась тяжелыми кризисами в системе управления страной. При этом внешнеполитическая ситуация часто имела решающее значение.