Внешнеполитический курс страны стал одной из причин конфликта между статхаудером Морицем Нассауским, противником перемирия с Испанией, и великим пенсионарием провинции Голландия Олденбарневелтом, видевшем в компромиссе с Испанией возможность поправить финансовое положение республики. Эта борьба переплелась с религиозными спорами между арминианами и гомаристами. Арминиане, умеренные кальвинисты, последователи лейденского теолога Арминия, выступали за веротерпимость и ограничение вмешательства церкви в вопросы политики, гомаристы во главе с проповедником Гомаром считали веротерпимость ересью, требовали усиления центральной власти и влияния церкви в делах государства.
Статхаудер, в противовес симпатизировавшему арминианам Олденбарневелту, открыто принял сторону гомаристов. Олденбарневелт расценил это как вызов, и поскольку религиозные споры вызвали в ряде городов разногласия и даже волнения, инициировал принятие Штатами Голландии указа («Жесткая резолюция» от 4 августа 1617 г.), который не только позволял городам самостоятельно формировать отряды наемных войск с целью наведения порядка в городах, но и обязывал глав подразделений регулярных войск действовать совместно с ними. Мориц Нассауский расценил это как ущемление своих полномочий и в ответ совершил государственный переворот. При поддержке Амстердама, армии и части депутатов Генеральных штатов он в 1618 г. распустил все сформированные на основании «Жесткой резолюции» военные отряды и изгнал арминиан из магистратов городов. 29 августа 1618 г. Олденбарневелт и его соратники как сторонники арминиан были арестованы; учение арминиан подвергалось осуждению церковью. Суд, начавшийся 20 февраля 1619 г., обвинил Олденбарневелта в государственной измене (речь шла о якобы имевших место тайных связях с испанцами), и 13 мая 1619 г. он был казнен. Спустя два года война с Испанией возобновилась.
Активная политическая борьба между «республиканцами» и оранжистами шла на всех уровнях власти. При этом центральная власть в стране, идет ли речь о Генеральных штатах или статхаудерах, никогда не была настолько сильной, чтобы победить партикуляризм провинций.
Существовавшая в Соединенных провинциях веротерпимость не была безоговорочной: кальвинистская церковь являлась официальной церковью республики и подчинялась властям, а в 1619 г. католикам запрещено было отправлять свой культ публично и занимать гражданские и военные посты. Однако законы против них редко исполняли с положенной строгостью, и многие католики занимали должности в магистратах, становились армейскими офицерами. К 1650 г. протестанты составляли уже половину населения страны.
«Золотой век» экономики