Пока власть находилась в руках царевны Софьи и князя В.В. Голицына, вдовствующая царица Наталья Кирилловна с сыном Петром проживали в подмосковных селах Преображенском и Измайлове. В подростковом возрасте Петр жил вдали от столичных дел и развлекался со сверстниками, организуя «потешные полки» для военных игр и других забав. Со временем эти созданные для «потех» войска превратились в два батальона по 300 человек в каждом. В 1689 г. Петру исполнилось 17 лет, и его отношения с Софьей стали очень напряженными. Софья боялась «потешных» Петра, Петр — верных царевне стрельцов. Поверив слуху, что стрельцы идут в поход против него, он бежал из Преображенского и укрылся за стенами Троице-Сергиева монастыря. Вскоре вслед за ним пришли его полки — Преображенский и Семеновский. Петра против Софьи поддержал патриарх, многие думные люди и некоторые стрелецкие полки. Софья оказалась в изоляции. Власть перешла в руки Петра. Князь В.В. Голицын был сослан, а Софья заключена в Новодевичий монастырь. Царь Иван не вмешивался в государственные дела, в 1696 г. он умер. Установилось единовластие царя Петра Алексеевича.
Боярская дума
. Романовы правили страной в тесном сотрудничестве с Боярской думой. Этот орган государственного управления состоял из четырех думных чинов: бояре, окольничие, думные дворяне, думные дьяки. Первые два чина занимали представители наиболее родовитых фамилий — княжеских и боярских. Однако далеко не все члены этих семей попадали в Думу — думным чином жаловал царь. Думные люди занимались государственными делами вместе с царем и по его поручению. Бояре возглавляли полки, являлись городовыми воеводами, руководили крупнейшими приказами, исполняли придворные службы. При назначениях на должности и на места в придворных церемониях вступал в силу механизм местнических традиций: полученное назначение сравнивалось с должностями, на которых ранее служили предки, и если оно оказывалось разрядом ниже или в подчиненном положении к менее значительному роду, то это воспринималось в качестве бесчестья. В этом случае думные люди отказывались выполнять царское распоряжение и приступать к исполнению службы, предпочитая царский гнев и опалу принятию недостойной их должности. Только думными чинами — царской милостью — не местничались никогда. В Разрядном приказе «ведались разряды», т. е. фиксировались и хранились все указы о дворянских назначениях на службу, о пожалованиях в думные чины. Эти документы были необходимы при местнических спорах. Со временем местнические отношения становились все более запутанными, в местнические споры стали вступать между собой даже незнатные лица. Все это парализовало административную и военную деятельность, делало и повседневную жизнь людей утомительной. Поэтому часто государь объявлял то или иное мероприятие как совершающееся «без мест», но и тут его распоряжениям подчинялись не все. В ноябре 1681 г. последовал указ царя Федора Алексеевича об окончательной отмене «враждотворного местничества», который в 1682 г. был одобрен «всей землей». Местничество, таким образом, де-юре было упразднено.Численность Думы к концу века значительно увеличилась за счет роста количества людей в двух ее нижних чинах. Родовитые бояре стремились провести в них представителей своего клана и тем усилить его. Дума становилась непомерно разросшимся и малоэффективным органом. Петр I не упразднял Думу, он просто перестал делать пожалования в думные чины и собирать ее на совет. Так постепенно Дума прекратила свое существование.
Приказы
. Судебные, финансовые и административные задачи в общегосударственном масштабе выполняли московские приказы, а на местах — приказные избы и воеводские управления. Воеводам подчинялись выборные губные и земские старосты, а сами они контролировались приказами и Думой. Имелось три группы приказов: 1) общегосударственные отраслевые (например, Поместный приказ ведал дворянскими землями, Стрелецкий — стрелецким войском, Посольский являлся дипломатическим ведомством, Иноземский приказ контролировал службу иностранных военных и пр.); 2) территориальные (например, Сибирский, Казанский, Малороссийский) и 3) дворцовые (например, приказ Большого дворца, Конюшенный и др.). Всего к концу века насчитывалось до 80 различных приказов.