Церковные соборы являлись, наряду с Думой и Собором всея земли, еще одним совещательным учреждением при московских царях по церковным проблемам. Царь всегда был инициатором всех Церковных соборов; он определял состав участников и проблемы, которые следовало обсуждать, он же утверждал принятые решения. На Церковных соборах часто присутствовали члены Боярской думы и принимали участие в решении вопросов, так же как и представители духовенства присутствовали на Земских соборах и были вхожи в Думу. Различие между Боярской думой и Церковными соборами заключалось в том, что первая была постоянным учреждением, тогда как Церковные соборы созывались только на срок для обсуждения чрезвычайных вопросов.
В обычное же время церковное управление осуществлялось патриаршей и архиерейской властью. Однако в состав этой власти было включено немало светских лиц. Патриарх и архиереи имели своих патриарших бояр, дворян, дьяков, тиунов и прочих служилых людей, осуществлявших административные, судебные, хозяйственные и даже военные функции в церковном ведомстве. Архиереи имели обширные права и полномочия в своих владениях, иногда они управляли целыми областями. Однако все их земли и привилегии являлись царским пожалованием.
Выбором и поставлением первоиерархов и епархиальных архиереев Русской церкви занимались избирательные Церковные соборы. Обычно избирался тот кандидат, на которого указывал государь. Сложилась практика вызова в Москву нескольких епархиальных архиереев, сменявших друг друга, с тем чтобы в случае необходимости имелась возможность созвать их на совет. Архиереи приезжали со своей свитой и своим церковным хором и с благословения патриарха служили в московских церквах. В XVII веке частыми участниками соборов были греческие иерархи, постоянно приезжавшие в Москву за царской милостыней. Значительным событием оказывались созывы больших, или «истинных» Церковных соборов, решавших вопросы веры и благочестия. Такие соборы созывались в расширенном составе.
В XVII в. состоялось около 50 Церковных соборов. Одной из важнейших их функций была законодательная. Собор 1620 г. вынес вердикт об осуждении Брестской унии (1596 г.) и решал проблему способов приема в Русскую церковь западных христиан, а также представителей Киевских православной и униатской митрополий. Постановления собора отражали негативную реакцию русского общества на события Смутного времени. Даже единоверные украинцы виделись теперь не в полной мере православными, и требовалось их крестить заново; само собой, что этому обряду следовало подвергать католиков, протестантов, мусульман и прочих. Не исключено, что определения собора распространялись и на православных греков. Законодательство патриарха Филарета в отношении западных христиан и немосковских православных было аннулировано на Большом соборе 1666–1667 гг. Тема отношения к украинскому и белорусскому православию актуализировалась в период попыток заключения в Киевской митрополии «новой унии» и поднималась на соборных слушаниях 1627 г. Два украинских сочинения: «Катехизис» Лаврентия Зизания и «Евангелие учительное» Кирилла Транквиллиона-Ставровецкого — были признаны еретическими. Соборные слушания 1645 г. посвящались вышеупомянутому «делу» графа Вальдемара. В 1649 и 1651 гг. состоялось два собора о единогласном пении, т. е. способе произнесения текстов во время литургии. Они показывают, что в согласованных действиях царя и Церковных соборов бывали и исключения. Молодой Алексей Михайлович созвал собор, чтобы настоять на принятии им указа о замене многогласного пения (т. е. одновременного чтения разных текстов) во время богослужений единогласным. Однако собор не поддержал царя, а царь не утвердил решений собора. Тем не менее при повторном решении этого вопроса на Соборе 1651 г. русская традиция многогласного пения была осуждена, и каноничным признана только строгая последовательность песнопений одно за другим.
На соборах 1654–1656 гг. при патриархе Никоне церковно-обрядовая реформа была признана необходимой и утверждены пути ее ведения. Определившиеся противники реформы, получившие название старообрядцев, на этих соборах подверглись церковному отлучению. Но вскоре и организатор реформы патриарх Никон был подвергнут соборному осуждению. В 1660 г. начался ряд соборов, посвященных «делу патриарха Никона». Большой собор, названный вселенским, так как в своих функциях выходил за рамки поместного, состоялся в 1666–1667 гг. Он осудил старообрядцев, низложил патриарха Никона, подтвердил начатые им церковные преобразования, рассмотрел проблему соотношения власти царя и патриарха. В 1682 г. Церковный собор отклонил все царские предложения о проведении епархиальной реформы, а настоять на своем находившийся на пороге смерти Федор уже не смог. Собором 1690 г. было признано недопустимым ведение литургии, основанной на католическом учении о времени пресуществления Святых Даров, и повторно запрещены сочинения Кирилла Транквиллиона-Ставровецкого, тексты Петра Могилы и других украинских богословов.
Внешняя политика