Как отмечалось, Земский собор 1653 г. принял решение о поддержке единоверцев в Речи Посполитой в их борьбе с католицизмом и унией. За этим шагом последовал разрыв «вечного мира» 1634 г. с Речью Посполитой и объявление ей войны. Одновременно из Москвы к гетману Войска Запорожского Богдану Хмельницкому было отправлено посольство, возглавляемое боярином и дворецким В.В. Бутурлиным. Представители русского духовенства в составе посольства везли шапку (символизирующую корону), крест и образ Спасителя. Местом переговоров был выбран пограничный г. Переяслав (казаки отказались от идеи принятия посольства в сакральной столице «всея Руси» — Киеве, о чем мечтали в Москве). Казацкая верхушка на предварительном совещании, старшинской Раде, выработала условия заключения союзнического договора с Россией. Во многом они базировались на правовой системе Речи Посполитой. План предполагал взаимное клятвенное принесение обязательств, прописанных условий (гарантий свобод Гетманата) и денежных компенсаций со стороны России за принятие вассалитета. В.В. Бутурлин отказался от имени царя приносить присягу Войску Запорожскому, объяснив, что в правовой системе России цари не приносят присяги своим подданным. Региональная политика России была совсем иной. Практика присоединения новых территорий (отработанная в Сибири и Поволжье) основывалась на принесении присяги правителями этих земель царю с использованием формул «принять под высокую царскую руки» и «в вечное холопство». Конфликт едва не сорвал торжественную церемонию в Успенском соборе Переяслава. Старшины удалились на совещание. Но в конечном счете они приняли версию московского посла. На большой Раде (генеральном военном совете) гетман Богдан Хмельницкий, 284 старшины (верхушка казачьего войска), представляющие Киевское казачество, Черниговский и Брацлавский полки, а также мещанство Переяслава принесли присягу на верность царю Алексею Михайловичу. Они поклялись в том, «чтобы быть им с землей и городами под царской великою рукой неотступно». (Оригинальных документов Переяславской Рады не сохранилось. Существует лишь статейный список В.В. Бутурлина в Посольский приказ — черновой и беловой варианты.) От лица царя гетману была вручена грамота и знаки гетманской власти: хоругвь, булава и горлатная шапка. (Следует отметить, что в русском правовом сознании принятие присяги означало вступление в подданство и являлось необратимым. Выход из подданства (нарушение присяги) рассматривался как государственная измена и жестоко карался.) После Переяславской Рады последовала масштабная компания крестоцелования. Представители московского посольства побывали в 117 городах и населенных пунктах Украины. На территории 17 полков присягнуло 127 тысяч человек. Отказались присягать ряд представителей казацкой старшины, некоторые казацкие полки и города, а также киевское духовенство во главе с митрополитом Сильвестром Коссовым.
Противодействие духовенства Киевской православной митрополии Богдан Хмельницкий компенсировал активной поддержкой греческого высшего духовенства, в том числе патриархов Христианского Востока. Параллельно в Москву выехало посольство Войска Запорожского для прояснения условий подданства и оформления письменного договора. Петиция к царю включала 23 «Статьи Богдана Хмельницкого» (оригинальный вариант не сохранился) и их чуть более поздний вариант — 11 статей (сохранился русский перевод в Посольском приказе с царскими резолюциями). В ответ в Москве посольство получило жалованные грамоты на подтверждение вольностей Войска Запорожского и признание прав украинской шляхты (оригиналы не сохранились). Современные термины, характеризующие Переяславскую Раду, варьируются от «воссоединения», «присоединения», «военно-политического союза», «протектората» до «экспансии» и «инкорпорации».
Новая война с Речью Посполитой, начавшаяся в 1654 г., оказалась неимоверно трудной и принесла колоссальные потери. Русские войска, в которых присутствовал сам царь Алексей Михайлович, сначала действовали успешно: они заняли почти всю Белоруссию и часть Литвы с г. Вильно. Сопротивление русским было слабым, поскольку в это же самое время Польша вела войну со Швецией и находилась на грани полного поражения. Однако Россию обеспокоили успехи шведов. Было решено начать войну со Швецией, а с Речью Посполитой заключить перемирие, которое предусматривало, что после смерти Яна Казимира королем Речи Посполитой будет избран Алексей Михайлович или его сын Алексей. Но война России со Швецией пошла неудачно и была завершена в 1661 г. Кардисским миром, который повторял условия Столбовского мирного договора 1617 г. Берега Финского залива оставались за Швецией.