Приверженцы старины первоначально оказывали яростное сопротивление реформе. В защиту старой веры выступили боярские жены Ф.П. Морозова и Е.П. Урусова. Не признавший реформу Соловецкий монастырь более восьми лет (с 1668 по 1676 г.) противостоял осаждавшим его царским войскам и был захвачен только в результате предательства. Нововведения породили раскол не только в Церкви, но и в обществе, он сопровождался распрями, казнями и самоубийствами, острой полемической борьбой. Старообрядчество сформировало особый тип религиозной культуры с сакральным отношением к письменному слову, с верностью старине и недоброжелательным отношением ко всему мирскому, с верой в близкий конец света и с враждебным отношением к власти — как светской, так и церковной. В конце XVII в. староверы разделились на два основных течения — беспоповцев и поповцев. Беспоповцы, не найдя в конечном счете возможности учреждения собственной епископии, не могли поставлять священников. В результате, основываясь на древних канонических правилах о допустимости совершения в экстремальных ситуациях таинств мирянами, они отвергли необходимость священников и всей церковной иерархии и стали выбирать из своей среды духовных наставников. Со временем формировалось множество старообрядческих толков (течений). Некоторые из них в ожидании скорого конца света подвергали себя «огненному крещению», т. е. самосожжению. Они понимали, что в случае захвата их общины правительственными войсками их сожгут на костре как еретиков. В случае подхода войск они предпочитали сгореть заранее, не отступив ни в чем от веры, и тем самым спасти душу.
В 1658 г. патриарх Никон в результате размолвки с царем объявил, что более не будет исполнять обязанности церковного главы, снял с себя патриаршее облачение и удалился в свой любимый Новоиерусалимский монастырь. Он полагал, что просьбы из дворца о его скорейшем возвращении не заставят себя ждать. Но этого не произошло: даже если совестливый Алексей Михайлович и сожалел о случившемся, его окружение более не желало мириться со столь всеобъемлющей и агрессивной патриаршей властью, которая, по выражению Никона, была выше царской, «как небо выше земли». Чья власть в реальности оказалась более значимой, продемонстрировали дальнейшие события. Царь, принявший идеи православного универсализма, уже не мог лишить патриарха сана (как это делалось в Русской поместной церкви постоянно). Ориентация на греческие правила поставила его перед необходимостью созвать вселенский Церковный собор. Исходя из устойчивого признания об отпадении от истинной веры Римской кафедры, вселенский собор должен был состоять из православных патриархов. Все они так или иначе приняли участие в соборе. В 1666 г. такой собор осудил Никона и лишил его патриаршего сана. Никона сослали в Ферапонтов монастырь, а позднее перевели в более суровые условия на Соловки.
Одновременно собор одобрил церковную реформу и предписал преследование старообрядцев. Протопоп Аввакум был лишен священства, предан проклятию и отправлен в Сибирь, где ему отрубили язык. Здесь он написал многие произведения, отсюда рассылал послания по всей стране. В 1682 г. он был казнен.
Однако устремления Никона сделать духовенство неподсудным светским властям находили сочувствие у многих иерархов. На Церковном соборе 1667 г. им удалось добиться уничтожения Монастырского приказа.
Восстания
Невозможно найти текст, в котором XVII в. не назвали бы «бунташным». Действительно, в этот период страну особенно часто сотрясали народные возмущения, истоки которых, возможно, кроются в Смутном времени. Оно принесло, с одной стороны, тяготы и разруху, с другой — веру в то, что можно прийти «скопом» к Московскому Кремлю и повлиять на власть и ее политику. В стране в течение всего XVII в. появлялись самозванцы, менее успешные, чем Лжедимитрии, однако также находившие сочувствие в народе. Крупнейшим восстанием второй половины века было восстание Степана Разина (1670–1671 гг.), охватившее обширную часть страны. Из городских восстаний к самым крупным относились восстания в Москве: в 1648 г. (Соляной бунт), в 1662 г. (Медный бунт) и стрелецкие восстания в 1682 («хованщина») и в 1698 гг. Возмущения горожан наблюдались не только в Москве, но и в десятках других городов, с особой силой они вспыхнули в Новгороде и в Пскове в 1650 г. Правительство никогда не шло на прямые уступки восставшим, оно стремилось быстро выявить зачинщиков и обвинить их в неповиновении властям — одном из самых страшных преступлений. Однако определенные меры против факторов, вызывавших недовольство, в конечном итоге правительством принимались. Так, были отменены и соляной налог, и чеканка медной монеты.