Одной из главных причин отсутствия в Московском государстве школьной системы была позиция Православной церкви, отличавшаяся от католической недопущением разума в дела веры. Если католическому богословию для обоснования догматов веры требовались в качестве «служанок» науки, порождавшие схоластическую систему образования, то в православии богопостижение происходило не через разум и «внешнюю мудрость», а через нравственный подвиг и душевное умиление. Отказавшись от схоластической философии, православие не нуждалось и в схоластическом (т. е. школьном) образовании. Появление первых московских школ на фоне этой традиционной системы обучения стало удивительным новшеством. Образцом для этих школ, созданных при правительственной поддержке, послужили средневековые школы Запада. Их опыт был воспринят через школьную практику южно-русских и западно-русских земель, откуда и были приглашены учителя. Еще в 30-40-е годы XVII в. предпринималось несколько попыток пригласить к патриаршему двору греческого дидаскала для обучения греческому и латинскому языкам и другим «наукам», но тогда они не увенчались успехом. Это начинание было успешно продолжено патриархом Никоном, и греки учили детей в патриарших монастырях и при патриаршем дворе. В конце 40-х годов при активном участии окольничего Ф.М. Ртищева был организован «училищный монастырь» на Воробьевых горах, куда в качестве учителей принимали старцев из юго-западных русских земель. Это училище поддерживалось, в том числе и финансово, правительством. Достоверно известно, что здесь шло преподавание польского и латинского языков, возможно, обучали грамматике, риторике и богословию. В середине 60-е годов действовала Заиконоспасская школа, в которой постигали науки под руководством учителя царских детей монаха из Белоруссии Симеона Полоцкого несколько подьячих Тайного приказа и один певчий. Их учили латинскому языку, основам грамматики, риторики, поэтики, логики. После смерти Полоцкого в 1682 г. занятия продолжил его ученик Сильвестр Медведев, имевший уже более 20 учащихся. Наиболее многочисленной являлась Типографская школа при Печатном дворе. Здесь получали навыки славянского чтения и письма, продвинутые ученики изучали греческий. Школа готовила справщиков и переводчиков для Печатного двора. В связи с планами правительства Федора Алексеевича открыть высшее учебное заведение — Академию, «Привилегия» (Устав) для которой создавалась в 1682 г., были приглашены два ученых грека братья Лихуды. Для них при Богоявленском монастыре в 1685 г. была построена специальная «школьная палата», в которой занимались 30–40 учеников — дети людей из разных сословий. Лихудам было разрешено преподавать «все свободные науки» на греческом и латинском языках. Типографская и Богоявленская школы стали базой для создания Славяно-Греко-Латинской академии. Последняя давала схоластические знания и являлась органом надзора над религиозными убеждениями учащихся.
Существовало определенное противоречие между схоластически церковным характером созданных в Москве школ и значительным светским контингентом обучавшихся в них лиц. Для них полученные знания часто имели ограниченный диапазон практического применения. Поэтому кадры государственного аппарата (приказные люди) обретали навыки и знания в основном в приказах, в процессе ученичества.
Школы появились в обстановке острой идейной борьбы, поскольку многим они представлялись латинством, не совместимым с православными традициями. «Русь, чего это тебе захотелось немецких поступков и обычаев!», — восклицал протопоп Аввакум. «Мудроборцы» отстаивали ненужность схоластического обучения и знания иных кроме славянского языков. Боязнь латыни объяснялась воинственным отношением православия к Риму и католицизму, соответственно книги, написанные на латыни, считались «ложными», еретическими. По этой же причине не одобрялся и польский язык. Желающие их знать (а такие люди все же встречались) обучались тайно, под страхом наказания. Официальное обучение латыни и польскому языку, поддержанное светскими и церковными властями, стало рискованным новшеством второй половины XVII в. Оно было вызвано не столько желанием перенять чуждую науку, сколько необходимостью иметь людей, разбирающихся в «западной учености» в связи с быстрым преодолением изоляции России от других стран. Прежние попытки сделать это путем обучения за границей потерпели неудачу. Теперь, при царевне Софье, сложилась партия «латинствующих», которая доказывала первенствующее значение латыни над греческим языком, «грекофилы» же во главе с патриархом Иоакимом утверждали обратное.