С мая по октябрь стрельцы чувствовали себя хозяевами Москвы, как и их начальник, глава Стрелецкого приказа боярин князь И.А. Хованский. Царевна Софья укрылась в Троице-Сергиеве монастыре. К ней на совет съехались думные люди, приговорившие князя Хованского как бунтовщика к казни. Князя вызвали из Москвы якобы для участия во встрече сына гетмана Самойловича, по дороге у с. Пушкино он был арестован и вскоре казнен. Софья стала собирать дворянское ополчение, а стрельцы приготовились к вооруженной защите Москвы. Однако они быстро поняли всю бесперспективность такой стратегии и принесли царям повинную. В ноябре царский двор вернулся в Москву.
Новый бунт московские стрельцы подняли в 1698 г., когда царь Петр находился за границей. Пройдя с Петром тяготы Азовского похода, стрельцы надеялись на возвращение в Москву, но их удалили из столицы. Им не нравились новшества, происходившие при дворе, возросшая роль иностранцев, задержки с выплатой жалованья. Стрельцы пытались связаться с царевной Софьей и возвести ее на престол. Все это заставило царя срочно вернуться в Москву. Но к его приезду восставшие уже потерпели поражение на реке Истре под Новоиерусалимским монастырем от войск, возглавленных боярином А.С. Шеиным. Петр сам провел следствие по этому делу, более тысячи человек было казнено, а стрелецкое войско расформировано.
Культура
Русскую культуру XVII в. часто характеризуют, заимствовав выражение И. Хейзинги, как «осень Средневековья». В этот период светские элементы культуры явственно потеснили церковные, наметились изменения в основополагающих мировоззренческих понятиях — о познании Бога и мира, о человеке и его возможностях, особенно о возможностях человеческого разума.
После Смутного времени русская культура призвана была осмыслить потрясения начала XVII в. Русское общество открыло для себя культуру Речи Посполитой (как светскую, так и православную). Но следы проникновения западной учености сначала оказались немногочисленны, и официальная Церковь стремилась их уничтожить. Смута повлияла на формирование мировоззрения «осажденного града»: Россия как последний оплот православия, Третий Рим, мыслилась в окружении постоянного натиска врагов-еретиков. Чистое православие виделось патриарху Филарету единственной консолидирующей силой общества, которое необходимо было неустанно охранять от внешних влияний. Ориентация на собственную культурную и богословскую традицию, когда все остальные версии православия виделись искаженными, не исключала использования для усиления аргументации переводных украинских и белорусских сочинений. Они присутствуют и в публицистике Смутного времени, и в богословской полемике. Это скрытое влияние начинает нарушаться в 40-е годы XVII в., когда часть интеллектуальной элиты сменила «изоляционизм» на западничество в версии украинофильства, а затем полонофильства, а другая, назвавшаяся старообрядцами, пыталась сохранить мировидение первой половины XVII в.
Важные новшества появились в сфере обучения. В Москве свои школы имели иноземные землячества: лютеранская школа существовала в Немецкой слободе, в Мещанской слободе по просьбе проживавшего здесь белорусского и украинского населения была создано училище по типу братских украинских школ. Однако среди русского населения до середины века обучение грамотности осуществлялось во внешкольных формах: в семье, в учреждениях (приказах), индивидуально у мастера грамоты, который мог иметь как одного, так и нескольких учеников. Среди горожан было немало людей, занимавшихся обучением грамоте одновременно с ремеслом или торговлей, а среди подьячих мало кто не имел учеников. В дворянских семьях учительством занимались грамотные холопы, часто пленные поляки.