Одним из самых глубоких социокультурных потрясений в стране стал церковный раскол. В начале 50-х годов XVII в. в Москве среди высшего духовенства сложился кружок «ревнителей благочестия», члены которого желали устранения различных церковных непорядков и унификации богослужения на всей огромной территории страны. Первый шаг в этом направлении уже был сделан: Церковный собор 1651 г. под нажимом царя ввел единогласное церковное пение. Теперь необходимо было определить, чему следовать в церковных преобразованиях: собственной русской традиции или чужой. Этот выбор делался в условиях уже наметившегося в конце 40-х годов XVII в. внутрицерковного конфликта, обусловленного борьбой патриарха Иосифа с усиливающимися украинскими и греческими заимствованиями, инициированными царским окружением. По смерти в 1652 г. Иосифа и кремлевское духовенство, и царь Алексей Михайлович возжелали, чтобы его место занял новгородский митрополит Никон: характер и воззрения Никона, казалось, принадлежали человеку, способному возглавить задуманную царем и его духовником церковно-обрядовую реформу. Однако Никон согласился стать патриархом только после долгих уговоров царя и с условием отсутствия каких-либо ограничений своей патриаршей власти. А такие ограничения создавал Монастырский приказ. Никон имел большое влияние на молодого царя, считавшего патриарха ближайшим другом и помощником. Во время отъездов из Москвы Алексей Михайлович оставлял управление не в руках боярской комиссии, как это было принято ранее, а на попечение Никона. Ему дозволялось именоваться не только патриархом, но и «государем всея Руси». Заняв такое неординарное положение во власти, Никон стал им злоупотреблять, захватывать чужие земли для своих монастырей, унижать бояр, сурово расправляться с духовенством. Его занимала не столько реформа, сколько утверждение сильной патриаршей власти, образцом для которой служила власть папы римского.
В 1653 г. Никон приступил к осуществлению реформы, которую предполагал проводить с ориентацией на греческие образцы как наиболее древние. На деле же он воспроизводил современные ему греческие образцы и копировал украинскую реформу Петра Могилы. Преобразования Церкви имели внешнеполитический подтекст: новая роль России и Русской церкви на мировой арене. Рассчитывая присоединить Киевскую митрополию, русские власти мыслили создание единой Церкви. Это требовало сходства церковной практики между Киевом и Москвой, в то время как они должны были ориентироваться на греческую традицию. Безусловно, патриарху Никону оказывались нужны не различия, а единообразие с Киевской митрополией, которая должна войти в состав Московской патриархии. Он всячески развивал идеи православного универсализма.
Однако многие соратники Никона, будучи не против реформы как таковой, предпочитали иное ее развитие — с опорой на древнерусские, а не на греческие и украинские церковные традиции. В результате реформы традиционное русское двоеперстное освящение себя крестом был заменено троеперстным, написание «Исус» переменено на «Иисус», возглас «аллилуйя!» провозглашался трижды, а не дважды. Были введены иные слова и обороты речи в молитвы, псалмы и Символ веры, произведены некоторые изменения в порядке богослужения. Исправление богослужебных книг проводилось справщиками на Печатном дворе по греческим и украинским книгам. Церковный собор 1656 г. принял решение об издании исправленных Требника и Служебника — важнейших для каждого священника богослужебных книг.
Среди всех слоев населения нашлись те, кто отказался признать реформу: она означала, что российский православный обычай, которого издревле придерживались их предки, был порочен. При чрезвычайной приверженности православных к обрядовой стороне веры, именно ее изменение воспринималось очень болезненно. Ведь, по мнению современников, только точное исполнение обряда создавало контакт с сакральными силами. «Умру за единый “аз”»! (т. е. за изменение хотя бы одной буквы в священных текстах), — восклицал идейный руководитель приверженцев старых порядков, старообрядцев, и бывший член кружка «ревнителей благочестия» протопоп Аввакум. Он утверждал, что древнее русское православие «свято и непорочно», а у греков правоверие испортилось от турецкого завоевания, поэтому не нам у греков, а им у нас надо учиться истинной вере. В отношении украинских заимствований старообрядцы также были непреклонны. На деле строя свою богословскую систему на основе почерпнутых в первой половине XVII в. текстов из Киевской православной митрополии, они напоминали о фактах проклятий украинских сочинений (Зизания и Ставровецкого), о перекрещивании и, главное, о тезисе печатных кодексов времен патриарха Иосифа о подчинении Украины и Белоруссии после Брестской унии антихристом. В логике их рассуждений реформа патриарха Никона представала не чем иным, как введением Брестской унии в России (на самом деле Никон активно уничтожал униатскую иерархию на присоединенных территориях Речи Посполитой).