Управлять четырьмя деканскими субами (провинциями) Могольской империи и осуществлять контроль над вассальными деканскими султанатами был назначен один из младших сыновей Шах Джахана Аурангзеб, который действовал весьма своевольно. Первое наместничество Аурангзеба на Декане продолжалось с 1636 по 1644 г. Его самостоятельность вызвала подозрения падишаха, и он направил Аурангзеба сначала в Гуджарат, а затем на далекую северо-западную границу — завоевывать Балх и Бадахшан. Там Аурангзеб не снискал особой славы, а дела на Декане опять требовали сильной руки, и в 1652 г. началось второе наместничество Аурангзеба на Декане, продолжавшееся до 1657 г., когда он включился в борьбу за трон. При жизни отца амбиции Аурангзеба были направлены на юг — на окончательное подчинение Биджапура и Голконды. Но Шах Джахан и его старший сын Дара Шукох, считавшийся официальным наследником престола, мешали намерениям Аурангзеба, опасаясь его личного усиления в ущерб центральной власти.
В сентябре 1657 г. Шах Джахан заболел, и его четверо сыновей стали готовиться к борьбе за власть. Старший сын Дара Шукох был объявлен наследником, но другие братья не собирались с этим мириться. К тому же Дара не пользовался авторитетом в среде делийской знати. Он больше был известен не как военный и администратор, а как ученый и писатель, интересовавшийся индуизмом и христианством и прослывший еретиком. Аурангзебу удалось привлечь на свою сторону своих братьев Шуджу и Мурада, и войска претендентов пошли на столицу, не ожидая, когда образуется вакансия на троне. В результате Аурангзебу удалось избавиться от всех своих братьев, посадить отца в темницу и занять трон на долгие 50 лет (1658–1707).
Правление Аурангзеба
Основы системы управления и налогообложения, заложенные Акбаром, при его потомках начали размываться, однако продержались весь XVII в. Появились первые признаки разложения системы мансабдарства, в соответствии с которой все служащие делились на ранги согласно количеству всадников, находившихся у них на содержании. Увеличилось расхождение между чином и размером реально содержавшихся джагирдарами войск. Увеличилась доля земли, розданной в джагиры, и, соответственно, уменьшилась доля земли, находившейся под непосредственным управлением казны (земли халисё). Наместники в провинциях стали гораздо более своевольны. Налоговая система работала исправно, хотя наблюдались некоторые отступления от законных ставок поборов. Джагирдары и другие землевладельцы стали вводить дополнительные сборы (абвабы) в свою пользу. Однако пока еще эта практика не стала столь разорительной, как впоследствии.
Ни Джахангир, ни Шах Джахан не были религиозными фанатиками, но не обладали и терпимостью, отличавшей Акбара. Положение индусов в империи снова стало ухудшаться. Шах Джахан прекратил строительство индусских храмов, снова ввел налог на немусульман (джизью) и стал поощрять обращение в ислам. При Аурангзебе началась откровенная исламская реакция.