Все это привело к тому, что восстания джатов, бунделов, маратхов, раджпутов и сикхов становились все более ожесточенными. Впрочем, многие раджпутские князья остались на службе Моголов, их контингенты составляли важную часть имперской армии. В 1669 г. начались столкновения между имперскими войсками и кланами землевладельческой и земледельческой касты джатов в окрестностях Матхуры, т. е. в районе, расположенном между столицами Моголов — Дели и Агрой. В Бунделкханде (территория к югу от Джамны) в 1671 г. взбунтовался Чхатрасал, вождь раджпутского клана бунделов, который первоначально верно служил Моголам, участвовал в их походах против маратхов, однако вдохновленный героическим сопротивлением последних, решил основать собственное княжество. Это ему удалось. Он стал союзником маратхов. В 1672 г. началось восстание первоначально мирной религиозной секты сатнами, распространенной в северной Раджпутане и прилегающих районах Панджаба. Оно было жестоко подавлено. Это нарушило мирные отношения между Моголами и княжествами Раджпутаны, установившиеся в период правления Акбара и Джахангира. Аурангзеб вознамерился присоединить княжество Марвар, но там началась партизанская война. Марвар был поддержан Меваром. Аурангзебу удалось захватить все меварские крепости, но и здесь партизанская война не прекращалась. В конце концов и Марвар, и Мевар сохранили независимость.
Движение сикхов
В XV–XVI вв. в Северной Индии появилось несколько религиозных общин, проповедовавших ненужность храмов и брахманов, возможность личного общения с богом, выступавших против кастовых различий. Одной из таких общин была группа последователей Нанака (1469–1539), которого стали считать «учителем» (гуру), а его последователи стали называть себя «учениками» (сикхами). Сикхи учили, что Бог един, не имеет формы и имени, что в мире борются светлые и темные силы, преодолеть темные силы можно путем самоусовершенствования, ведя благочестивую, умеренную жизнь. Им запрещалось употребление алкогольных напитков и табака. Спасение, по учению сикхов, доступно всем, вне зависимости от касты. Они боролись с кастовыми предрассудками, принимали в свою среду всех желающих и устраивали совместные обеды, чтобы подчеркнуть, что не признают возможности ритуального осквернения одной касты другой. Первоначально это была мирная секта, организованная по образцу суфийских орденов. Она привлекала мелкий городской люд. Затем большинство в общине стали составлять сельские жители, прежде всего из касты джатов.
В XVII в. территория, контролируемая сикхами, стала обретать подобие государственности: она была разделена на провинции, в которых сидели представители гуру, стали собираться налоги в казну секты, создаваться вооруженные отряды. При Джахангире секта подверглась преследованиям, начались вооруженные столкновения. Гуру сикхов превратились не только в духовных, но и в военных вождей. Хар Говинд (1606–1645) отстроил свою религиозную столицу Амритсар (где находится построенный еще при его предшественнике знаменитый Золотой храм сикхов Хармандир-Сахиб), учредил правительство, ввел налоги, создал небольшую мобильную армию (300 всадников, в распоряжении которых имелось 700 лошадей, и отряд мушкетеров из 60 человек). При нем сикхам было разрешено охотиться и употреблять в пищу мясо.