Маньчжуры боялись быть ассимилированными местным населением, поэтому межэтнические браки между маньчжурами и китайцами были строго запрещены. В то же время новая династия пыталась навязать населению целый ряд элементов маньчжурской культуры, в первую очередь уже упоминавшиеся прически и одежду. Для чиновников и других представителей высших сословий подчинение этим требованиям было обязательным. Однако насильственное введение в китайский быт и повседневную жизнь маньчжурских традиций вызывало ожесточенное сопротивление населения. Целые города и уезды отказывались подчиняться подобным приказам. Вспыхивавшие восстания жестоко подавлялись самими маньчжурами, монголами или теми китайцами, которые перешли на их сторону. В некоторых местах население было почти полностью вырезано в ходе карательных операций.
К 1647 г. маньчжурам, казалось бы, удалось покончить с основными силами сопротивления. Лишь на крайнем Юге, в Гуйлине — столице провинции Гуанси — провозглашенный императором Мин Гуй ван продержался почти 15 лет (1646–1661), являясь символом борьбы с маньчжурами. Поэтому именно в Гуанси стекались сторонники свергнутой династии. В 1648–1649 гг., после того как часть полководцев вновь признала власть императора Мин, силы старой династии перешли в контрнаступление, хотя их достаточно впечатляющие успехи оказались недолговечными. Маньчжурам, все больше и больше расширяющим подвластную им территорию, удавалось использовать силы самих китайцев: У Саньгуй был далеко не единственным полководцем, перешедшим на их сторону. Еще три талантливых и обладавших значительным влиянием китайских военачальника воевали на стороне завоевателей: Кун Юдэ, Шан Кэси и Гэн Чжунмин. Доргонь обещал предоставить им практически автономные владения, что способствовало быстрому отвоеванию проманьчжурскими силами большинства потерянных территорий.
Смерть в 1650 г. Доргоня вызвала борьбу за власть при дворе в Пекине. Еще в 1647 г. Доргонь отстранил от власти второго регента, Цзиргалана, и стал единоличным правителем империи Цин. Его слава была столь велика, что посмертно его объявили императором и удостоили храмового имени Чэн-цзун. Правда, посмертное торжество Доргоня длилось недолго. Вернувшийся к власти Цзиргалан обвинил Доргоня во всевозможных преступлениях. Но и Цзиргалан не смог удержаться у власти. При трусливом и бездеятельном императоре Фулине вскоре стал править глава придворных евнухов У Лянфу. Сменявшие друг друга после смерти в 1661 г. Фулиня князья-регенты нового семилетнего императора Сюанье (1661–1722) — Обой/Аобай (1661–1669) и Сонготу (1669–1679) — не обладали военными и административными талантами, сравнимыми со способностями Доргоня. Возможно, это повлияло на затягивание войны с Минами, окончательно завершить которую смог лишь сам Сюанье, после того как в 1679 г. начал править самостоятельно.
Активным и опасным противником Цин в 1650–1660 гг. был Чжэн Чэнгун, занявший со своим флотом в 1652 г. почти всю южную часть Фуцзяни и контролировавший побережье этой провинции. Последнее было неудивительно: предками Чжэн Чэнгуна являлись южнокитайские пираты, умевшие воевать на море значительно лучше завоевателей. В 1654 г. Чжэн Чэнгун поднялся по Янцзы вплоть до Нанкина. Его походы продолжались и в последующие годы. В связи с этим в 1661 г. были введены чрезвычайные меры: сначала изданы строжайшие морские запреты, а затем все прибрежное население, кроме жителей обнесенных стенами городов Цзянсу, Чжэцзяна и Фуцзяни, насильственно переселили на 15–20 км в глубь материка. Там была проведена граница, нарушение которой каралось смертной казнью. Между границей и морем лежала мертвая зона: жилища сжигались, поля вытаптывались. Чжэн Чэнгун и его силы были вынуждены перебраться на Тайвань, отвоевав его у голландцев в 1661 г.
Сохранявшиеся очаги сопротивления сторонников династии Мин и восставших против власти маньчжуров в 1673 г. бывших полководцев-изменников (У Саньгуя, создавшего в Юньнани собственное государство — империю Чжоу; Шан Кэси, княжество которого располагалось в Гуандуне, и наследника Гэн Чжунмина Гэн Цзинчжуна, занявшего Фузцянь) были подавлены лишь в 1680–1683 гг. Сторонники старой династии бежали на Тайвань, где власть династии Чжэн была достаточно сильной, чтобы попытаться отвоевать Фуцзянь в 70-е годы XVII в., интриговать против Цин, поддерживая при этом дипломатические отношения с маньчжурами, и даже строить планы по захвату Филиппин. Однако после смерти наследника Чжэн Чэнгуна — Чжэн Цзина в 1681 г. — на Тайване вспыхнула борьба за власть. Маньчжуры использовали ситуацию в свою пользу. Летом 1683 г. огромный флот империи Цин двинулся покорять государство Чжэнов. Семь дней защищались острова Пэнху (Пескадорские острова), 12 тысяч сторонников Чжэнов погибло. Войска и чиновники на самом Тайване капитулировали, были прощены и вывезены на материк. На Тайване разместили военный гарнизон маньчжуров.