Окончание военных действий улучшило обстановку в стране. Морские запреты были отменены, и в пустовавшую много лет прибрежную зону южных провинций стало возвращаться население. Не смирившиеся с поражением сторонники Мин (которых насчитывалось больше 1,5 млн) отплыли на только что захваченные Вьетнамом территории Камбоджи (южная часть современного Вьетнама). С позволения вьетнамцев они начали осваивать эти земли, став инструментом распространения вьетнамского контроля.
После окончания военных действий правление Сюанье протекало относительно спокойно. Волна восстаний шла на убыль. Государственная власть стабилизировалась, экономика начала восстанавливаться. В первые годы своего правления Сюанье ввел налоговые послабления, однако постепенно он их отменил. Поземельный и подушный налоги были обременительными для крестьян, но не в такой степени, как при Мин. В то же время росло число дополнительных или «смешанных» налогов. Иногда сумма дополнительных налогов, поборов и надбавок либо равнялась, либо даже превышала основные налоги: подушный, поземельный и натуральный. В ходе завоевания маньчжуры стали вводить систему круговой поруки баоцзя, которая к 70-м годам XVII в. охватила все местности, занятые маньчжурами.
К концу XVII в. империя Цин добилась значительных результатов как в выстраивании системы управления, в которой старые китайские образцы сочетались с нововведениями, так и в распространении своей власти на огромные территории. Император Сюанье предпочитал править сам, контролируя деятельность всех основных ведомств. Еще в 1671 г. был восстановлен существовавший при Мин Внутридворцовый Секретариат (Нэйгэ), в который вошло равное количество маньчжуров и китайцев. Но теперь он носил лишь чисто исполнительные функции. В 80-е годы XVII в. правительство начало активно восстанавливать земледелие. На покинутые земли возвращались беженцы, которые вновь распахивали заброшенные в ходе войн земли, восстанавливались ирригационные сооружения, усиливался контроль государственных структур над населением. Династия правила над территорией, значительно отличавшейся по своему составу от земель, некогда подвластных династии Мин. Впервые с монгольских времен Срединное царство оказалось в составе одного государства с центральноазиатскими областями. Но и в тех районах, которые и раньше входили в состав Поднебесной, но были не до конца освоены ханьцами, с приходом новой династии начали происходить значительные изменения. Под большим контролем оказались малые народы Южного Китая: народности мяо-яо, тибето-бирманские народы и некоторые другие. В самом начале XVIII в. общекитайская модель управления сменила здесь сохранявшуюся до этого власть племенной аристократии. Завоеванный сначала родом Чжэнов, а затем и империей Цин остров Тайвань значительно изменился. Населенный издревле в основном местными племенами австранезийского происхождения и пиратами, после завоевания континентального Китая цинскими войсками этот остров подвергся массовой колонизации, в ходе которой его население резко выросло и стало в основном ханьским. Тайвань превратился в форпост внешней торговли и политики Цин.
На большей части самой Поднебесной династия Цин сохранила существовавшую ранее систему административного деления на две столицы и 13 провинций, хотя их объединили в более крупные единицы, которыми управляли «генерал-губернаторы» (в большинстве своем маньчжуры по происхождению), контролировавшие губернаторов провинций. Родина завоевателей, Маньчжурия, была разделена на три части, одна из которых, восточная, оставалась закрытой для китайцев. Захваченные в ходе активной завоевательной политики Сюанье в конце XVII — начале XVIII в. северные монгольские земли и Тибет оставались не включенными в общекитайскую систему административного управления. На севере интересы маньчжуров пересекались с интересами правителей России. Это привело к ряду пограничных конфликтов, завершившихся заключением в 1689 г. Нерчинского договора, определившего границу между Россией и империей Цин. В результате русские были вынуждены покинуть ряд занятых до этого земель.
Россия оставалась единственным иностранным государством, с которым империя Цин заключила договор. Маньчжуры, перенявшие дипломатические традиции предыдущих династий Поднебесной, рассматривали отношения с соседними и дальними государствами с позиции превосходства Срединного царства над всем остальным миром: от прибывающих в столицу империи посольств ожидали признания верховной власти императора и выплаты дани. Как и при династии Мин, Цины жестко регулировали сферу внешних сношений. В китайские порты могли входить иностранные корабли, имевшие не более 100 человек на борту. Миссии «данников» Китая также ограничивались сотней иностранцев, и лишь 20 из них допускались в столицу империи Пекин. Существовал запрет на вывоз из страны ряда товаров, в первую очередь оружия.