Война с Японией завершилась. Отношения между странами были вскоре восстановлены (корейское посольство 1607 г.) благодаря настойчивости преемника Тоётоми Хидэёси Токугава Иэясу, вернувшего на родину более семи тысяч корейских пленных. Но несмотря на одержанную победу, военные действия, в течение нескольких лет проходившие на значительной территории Чосона, усугубили экономические проблемы, в первую очередь в сельском хозяйстве. Последствия войны сказывались в Корее на протяжении нескольких десятилетий. Японские войска уничтожили запасы семян, истребили скот, разрушили оросительные системы. Площади обрабатываемой земли сократились втрое по сравнению с довоенным периодом. Правительству пришлось облагать более высоким налогом провинции, в меньшей степени затронутые военными действиями. Многих мастеров-ремесленников увели в плен, благодаря чему Япония усовершенствовала производство керамики и текстиля, получила технологию книгопечатания с передвижным металлическим шрифтом, от которой там, впрочем, вскоре отказались, как и от огнестрельного оружия, запрещенного при сёгунате Токугава почти полностью. Всё это привело к снижению качества ремесленной продукции в Корее. Кроме того, подверглись уничтожению правительственные записи, архивы, исторические документы и многочисленные предметы искусства.
Для восстановления сельского хозяйства правительство решило применить традиционную схему «поощрения земледелия». В основные крестьянские районы посылались чиновники, которые должны были собрать беженцев и вернуть их на прежние земли. Беженцам выдавали зерно и орудия труда из государственных запасов. Тем не менее практически не были смягчены налоги. В связи с тяжелым положением правительство решилось в 1608 г. на взимание вместо многочисленных натуральных податей унифицированного налога зерном. Эта мера предлагалась еще в начале XVI в., но ее введение затянулось на целое столетие.
В социальной структуре Кореи на протяжении XVII в. происходили значительные перемены. Возросла роль богатых купцов и торговцев, в то время как знать (янбаны) теряла свои позиции. Финансовые трудности заставляли власти проводить все новые налоговые реформы, а также осуществлять продажу титулов. Общество стало более подвижным в социальном отношении, чем до войны. Богатые крестьяне и купцы могли теперь получить статус привилегированного сословия янбан или претендовать на сдачу экзамена на должность чиновника, а крепостные крестьяне (ноби) обладали возможностью выкупить себя. Крепостные крестьяне, которые раньше не проходили военных учений, стали набираться для обучения военному делу, что позволило им в большей мере чувствовать себя наравне со свободными.
После войны продолжилась борьба политических группировок за власть, приносившую экономические преимущества. Родственники вана и чиновники, занимавшие ответственные посты, могли получить в собственность обширные пустующие земли и превратить их в необлагаемые налогами владения. Сторонники воинственных «западников» устроили в 1623 г. вооруженный переворот и захватили власть. При этом был смещен и наследник вана Сонджо Кванхэ-гун (1608–1623, т. е. князь Кванхэ), не удостоенный официальными историками посмертного имени и лишенный титула вана.