Исключительным правом на торговлю с колониями в течение почти всего XVII в. пользовалась Севилья, лишь в самом конце столетия ее сменил Кадис. Колониям запрещалось вести обмен друг с другом и с иными державами, кроме метрополии. Контрабандная торговля по возможности пресекалась, хотя на практике сами колонисты прибегали к ней втайне от властей. Своеобразной формой контроля над торговым обменом колоний с метрополией была система «серебряных флотов». На Тихом океане сходным образом была организована навигация между Мексикой и Филиппинами. Знаменитый Манильский галеон, доставлявший в Мексику товары из Азии и тем самым связывавший Азию с Америкой напрямую, а не через Европу, выступал в это время как своего рода воплощение рождавшегося мирового рынка.
В заокеанских владениях Испании, с одной стороны, воспроизводилась характерная для метрополии система управления, с другой — сохранялись элементы устройства, присущие индейскому миру. Основные направления колониальной политики Испании устанавливал созданный еще в XVI в. Совет по делам Индий, который назначал светских и духовных должностных лиц и контролировал деятельность колониальной бюрократии. Организацией трансатлантической торговли и навигации занималась Севильская Торговая палата, подчиненная Совету по делам Индий. Оба учреждения находились в метрополии. Чиновники, руководившие их деятельностью, назначались монархом и отстаивали интересы короны.
К началу XVII в. испанские колонии были объединены в два вицекоролевства: Новую Испанию и Перу. В состав первого входили Мексика, Центральная Америка, острова Вест-Индии и Южное побережье Карибского моря, а также Филиппины. Вице-королевство Перу включало почти все прочие территории Южной Америки, кроме подвластной португальцам Бразилии. Там, где шли военные действия или сохранялась угроза нападения, создавались генерал-капитанства, напрямую подчиненные короне.
Вице-короли назначались монархами на ограниченный срок из числа испанских аристократов или служителей церкви. Корона заботилась, чтобы вице-короли не устанавливали тесных связей с колонистами. Параллельно действовали судебно-административные органы — аудиенсии, которые служили противовесом власти вице-королей и губернаторов. Контроль над теми и другими осуществляли ревизоры, присылавшиеся из Испании.
Задачи управления на местах решали муниципальные советы — кабильдо. Чтобы успешно проводить за океаном свою политику, монархи назначали на высшие посты в аппарате управления только уроженцев метрополии.
Однако в систему колониального управления была встроена и индейская община, которой руководили старейшины-касики. Испанцы старались без особой необходимости не вмешиваться в их отношения с соплеменниками, однако контролировали их действия.
В целом система колониального управления являлась дорогостоящей, громоздкой и отягощенной мелочной регламентацией. Все важные решения принимались в Испании, но вследствие огромных расстояний ждать такого решения приходилось много месяцев. Классический принцип испанской бюрократии: «Повиноваться и не выполнять» — в полной мере действовал и в колониях.
Огромную роль в жизни Испанской Америки играла Церковь. К началу XVII столетия «духовная Конкиста» уже достигла в Америке значительных успехов. Утвердилась стройная система диоцезов, во множестве основывались монастыри (к началу XVII в. только в Новой Испании их насчитывалось более 400). Христианизация индейцев продвигалась быстрыми темпами, хотя нередко оставалась весьма поверхностной.
Служители Церкви в Америке занимались делами управления и благотворительностью, осуществляли идеологический контроль, они сыграли выдающуюся роль в развитии колониальной культуры. Церковь представляла собой великолепно организованный экономический организм, ее служители умели образцово вести хозяйство. Среди монашеских орденов в обращении индейцев огромную роль сыграли иезуиты, особого успеха добившиеся в Парагвае.