В первое десятилетие XVII в. нидерландская Ост-Индская компания (основана в 1602 г.) лишила Португалию контроля над «островами пряностей» (Молуккские острова). В 1619 г., разрушив г. Джакарта на острове Ява, голландцы основывают свой собственный торговый и административный центр Батавию. В 40-50-е годы они вытесняют португальцев из Малакки и с Цейлона, а в начале 60-х годов XVII в. — из Малабара (Юго-Запад Индии). У португальцев остаются Макао (южное побережье Китая) и несколько островов из группы Малых Зундских островов (Тимор, Солор, Флорес). Важный центр португальского влияния в Индии — «золотой Гоа», как его называли современники, — со временем оказался окружен голландскими и английскими владениями. В 1662 г. Бомбей, наряду с Танжером в Марокко, был передан Португалией Англии в качестве приданого Екатерины Брагансской при заключении ее брака с Карлом II Стюартом. Кроме того, в 1639 г. португальцев изгнали из Японии под предлогом их содействия восстанию христиан, и монополия на контакты со страной, закрывшейся от западного влияния, осталась у голландцев. До этого события фактория португальцев в Нагасаки была частью таких протяженных торговых маршрутов, как Макао-Малакка-Гоа-Лиссабон, Гуанчжоу-Макао, позднее — Макао-Филиппинские острова — Мексика.
В Восточной Африке голландцы попытались отобрать у Португалии Мозамбик, а в 1652 г. захватывают у нее мыс Доброй Надежды и основывают там собственную колонию с центром в Кейптауне. В Западной Африке голландцы закрепились на Золотом берегу (современная Гана), а в 1638 г. захватили крепость Сан-Жоржи-да-Мина, заложенную португальцами еще в XV в. В 1641–1648 гг. голландцы удерживали контроль над побережьем Анголы, где находились важные центры португальской работорговли, однако в 1648 г. португальско-бразильские силы, прибывшие из Рио-де-Жанейро, отвоевали Луанду. К середине 60-х годов голландцы располагали первыми португальскими плацдармами на Золотом берегу, но Ангола, Бенгела, острова Сан-Томе и Принсипи остались за португальцами.
В Бразилии «голландские вторжения» считаются самым масштабным политическим и военным конфликтом в истории страны в колониальное время. Вторжения начались с захвата в 1624 г. города Салвадор, центра колониальной администрации Бразилии и стратегически важного пункта на Северо-Востоке страны, где производился сахар. Голландцы пробыли в Салвадоре около года и после упорных боев сдались. В 1630 г. голландцы захватили капитанство Пернамбуку и до 1645 г. удерживали контроль над этой северо-восточной областью Бразилии, специализировавшейся на производстве сахара. В 1645–1654 гг. захваченные земли были отвоеваны; применявшаяся тактика партизанских действий получила название «бразильской войны» (в противовес регулярной «европейской войне» по правилам). В изгнании голландцев принимали участие отряды местных землевладельцев, а также отряд под командованием негра Энрике Диаша и индейца Фелипе Камарау, что символически расценивалось в последующие эпохи как зарождение бразильской нации на основе союза трех рас.
Поставки бразильского сахара в Европу, а также связанная с потребностями плантационного хозяйства работорговля в Западной Африке остались в руках у португальцев. О тесных связях в рамках сложившегося в Южной Атлантике «хозяйственного комплекса» говорит тот факт, что Луанда была отвоевана генерал-губернатором Бразилии, а военачальники в Пернамбуку, действовавшие против голландцев, занимали до этого посты в колониальной администрации Анголы.
Католические миссионеры, в особенности иезуиты и доминиканцы, были важными проводниками португальского влияния в Азии, и голландским протестантским пасторам не удалось повторить их успех. Кроме того, даже после завоевания голландцами португальских владений в Южной и Юго-Восточной Азии языком международного общения там зачастую продолжал оставаться португальский. В донесении руководству Ост-Индской компании генерал-губернатор Батавии в 1659 г. отмечал, что не только местное зависимое население, но даже дети голландских колонистов используют португальский язык как свой.