Кальвин создал жесткую систему, охватывавшую все стороны жизни. Церковь получила четкую организацию: общины верующих возглавлялись пресвитерами (старшинами) и проповедниками, объединявшимися в консисторию. Большая часть церковных праздников была отменена, посещение церкви стало обязательным, досуг следовало проводить не в развлечениях, а в чтении религиозных книг; запрещались танцы, ношение дорогой одежды. Нарушения жестоко карались консисторией, за несогласие с мнениями Кальвина грозила смерть; так, в 1553 г. был казнен находившийся в Женеве проездом испанский врач и ученый, известный учением о кровообращении, Мигель Сервет, отрицавший троичность бога.
Благодаря своей гибкости, организационной оформленности и строгой последовательности учение Кальвина (реформатство) получило широкое распространение в Европе. Кальвинистские консистории были во второй половине XVI в. центрами революции в Нидерландах, завершившейся освобождением северных провинций от испанского владычества и установлением республики. Во всех европейских странах распространение Реформации сопровождалось острой политической борьбой и гонениями на инакомыслящих, очень редко раздавались призывы к веротерпимости, примером которых может служить голос голландского богослова Арминия, пытавшегося смягчить кальвинизм. Во Франции конфликт между католиками и протестантами приобрел преимущественно политический характер; его подоплекой являлась борьба между разными группами дворянства и все более набирающей силу королевской властью. Французская церковь издавна была относительно независимой от папского Рима и в конечном счете превратилась в организацию, подчиняющуюся королевской власти. Таким образом, эта задача Реформации оказалась во Франции менее актуальной и здешняя национальная церковь, получившая название галликанской, после всех ужасов религиозных войн и избиений, подобных Варфоломеевской ночи, сохранила свои католические позиции.
Нечто подобное произошло и в другой крупнейшей державе Европы, Англии, с той разницей, что англиканство вследствие конфликтов короля и папы полностью порвало с Римом. В 1534 г. король Генрих VIII был провозглашен главой церкви, которая в дальнейшем приняла ряд положений протестантизма, но сохранила католическую организацию, епископат и пр. Национальная англиканская церковь была реформирована сверху и в таком виде осталась государственной, хотя позднее, в конце XVI и в XVII в., в Англии развернулось движение пуритан в пользу установления кальвинизма и устранения остатков католицизма. Шотландия оставалась оплотом Католической церкви, хотя в ней постепенно распространилось пресвитерианство.
В скандинавских странах — Дании, Швеции, Норвегии, Финляндии — протестантизм в лютеранском (евангелическом) варианте был утвержден королевской властью в 30-40-е годы XVI в. На Востоке Европы — в Чехии, Польше, Венгрии — Реформация добилась значительных успехов, но в конце XVI — начале XVII в. они были почти сведены на нет усилиями католических политиков.
Контрреформация
Центрами Контрреформации в 40-е годы XVI в. стали Италия и Испания. Католицизм восстановил свои позиции в южных странах Европы, в Южной Германии, в Южных Нидерландах, на Севере же утвердилась новая вера. Если в Германии Реформация объединила широкие общественные слои, включая (особенно на первых порах) и представителей гуманистического течения, и народные низы, то в Италии такого соединения не произошло. Ученые, гуманисты, деятели культуры до поры до времени пользовались широким покровительством пап. В образованных кругах духовенства высказывались идеи обновления Церкви, но в рамках католического учения, сохранявшего господство и над умами народной массы. Это господство поддерживали нищенствующие ордена и народные проповедники, странствовавшие по Италии. Влияние германской Реформации, не имевшее здесь национальной почвы, было подхвачено одиночками, иногда небольшими группами образованных людей из высшего круга. Но в первые годы Реформы папы не видели в этом большой угрозы. Только успехи протестантизма в 20-30-е годы XVI в., прежде всего вне Италии, заставили их обратиться к решительным мерам и приложить усилия по сплочению всех католических сил. В 1542 г. в Италии под именем Священной канцелярии (Sant’Uffizio) был восстановлен церковный суд инквизиции, учрежденный в XIII в. и активно действовавший в Испании.
В пику протестантизму, отрицавшему монашество, возникли новые монашеские ордена — театинцы, капуцины, иезуиты. Последние сыграли особую роль в контрреформационном движении.