В отличие от гуманистического движения Реформация и Контрреформация имеют более четкие исторические очертания, связанные с конкретными событиями. Классической страной Реформы стала Германия, а человеком, который подорвал могущество духовенства, — августинский монах Мартин Лютер, 31 октября 1517 г. обнародовавший 95 тезисов, направленных против индульгенций, т. е. продаваемых за деньги освобождений от налагаемых церковью наказаний за грехи. Выступление Лютера вызвало активную поддержку в разных слоях немецкого общества. За три года дошло до почти полного разрыва с Католической церковью. Но представления крестьян, бюргеров, князей и рыцарства о необходимых реформах были разными. Крестьянская война 1524–1525 гг. проходила под лозунгами установления царства Божьего на земле, народной власти и всеобщего единения на принципах справедливости. Наиболее крайние позиции занимали анабаптисты, или перекрещенцы, требовавшие повторного крещения уже взрослых людей. Им удалось даже на короткое время захватить власть в г. Мюнстере, где они проводили в жизнь свои уравнительные идеи (1533–1535 гг.). Лютер и его сторонники придерживались позиции германских князей, использовавших Реформацию для захвата церковных земель. В 1529 г. последователи Лютера приняли документ, направленный против религиозных ограничений со стороны императора Карла V Габсбурга и католических князей — Протестацию, откуда и пошло название всех новых церквей. В 1530 г. было оформлено так называемое «Аугсбургское исповедание», ставшее символом веры лютеранства как церковной организации, евангелической церкви. В ней было упразднено почитание икон и мощей, из семи таинств, мистических обрядов католицизма, осталось лишь два — таинства крещения и причащения. Право новой веры на существование утверждалось в кровопролитных войнах, в конце концов усиливших независимость многочисленных германских князей, и в 1555 г. был провозглашен принцип «Чья власть, того и вера». Но религиозные распри еще долго являлись знаменем политической борьбы, в частности они послужили поводом для развязывания Тридцатилетней войны (1618–1648), опустошившей всю Германию. В конце концов в результате так называемой конфессионализации (разделения Европы по религиозному признаку) установилось некоторое равновесие.
Вторым центром реформационного движения в Европе стала Швейцария, родина двух важных течений протестантизма — цвинглианства и кальвинизма. Ульрих Цвингли получил гуманистическое образование и был священником в Цюрихе. Принципы учения Цвингли были более радикальными, чем лютеранские, и сам он придерживался республиканских взглядов, причем считал, что церковь должна подчиняться непосредственно властям. Цвингли выступал за запрет военного наемничества, наносившего ущерб Швейцарии, и стремился к объединению всех швейцарских кантонов. Его поддерживали крестьяне и городские низы, сильные волнения которых произошли в 1524–1525 гг., во время Крестьянской войны в Германии. Однако повсеместному введению протестантизма воспротивились католические земледельческие кантоны. В ходе политической борьбы Цвингли погиб, а распространение его учения затормозилось.
В 30-е годы XVI в. в Женеве была выработана другая протестантская доктрина, более умеренная и созвучная настроениям массы бюргеров. Ее основателем стал Жан Кальвин, выходец из французских протестантов, бежавших от гонений в Швейцарию. Здесь было издано основное сочинение Кальвина «Наставление в христианской вере». Кальвинизм знаменит своим учением о вечном и абсолютном предопределении, согласно которому спасение отдельных людей не зависит от их стараний, но от века установлено богом — кому уготовано гореть в аду, а кому попасть в рай. Казалось бы, это снимает с человека личную ответственность, но на деле такое понимание предопределения лишь констатирует зависимость человеческой судьбы от внешних сил и оставляет простор для толкований. Если гуманисты призывали к полной внешней, земной реализации всех человеческих потенций, а лютеране — к внутреннему очищению верующего, то кальвинизм обосновал необходимость активного поведения личности, хотя в строго заданных рамках.
Гуманисты предполагали наличие у человека свободной воли в вопросах добра и зла, способность их постижения разумом для движения к благу. Официальная церковь учила, что это движение возможно лишь с ее помощью, при ее посредничестве между человеком и божественной благодатью. По мнению Лютера, отрицавшего свободу воли, только личная вера наделяет человека благодатью и заступничеством Христа. Кальвин, на первый взгляд, шел еще дальше, объявляя человеческие усилия в конечном счете бесполезными для спасения, но из его учения следовали два важных вывода. Во-первых, верующий должен быть смиренен и скромен, поскольку решение его судьбы от него не зависит. Во-вторых, он никогда не должен отчаиваться в своих стараниях быть добродетельным, ведь божественный приговор скрыт от человека.