Несмотря на союз королей с немецкими протестантами во время Итальянских войн, во внутренней политике борьба с реформационными учениями усиливалась. Все большее распространение получало учение Кальвина, на основе которого в конце 50-х годов XVI в. складывается мощная организация протестантской церкви во Франции.
Жан Кальвин учился в Парижском университете. В 1533 г. он помог ректору университета Николя Копу составить тезисы речи, выдержанной в духе осторожного «христианского гуманизма», но демонстрирующей знакомство с запрещенными сочинениями Лютера. Сорбонна усмотрела в этой речи ересь и потребовала ареста виновных. В последний момент Кальвину удалось уйти по крышам из окна своей кельи. Бежав в Швейцарию после «дела плакатов», он опубликовал первую редакцию «Наставления в христианской вере». Затем до самой своей смерти (в 1564 г.) Кальвин редактировал этот труд, придавая ему все более радикальный и более систематизированный характер. Согласно его учению, природа человека безнадежно испорчена вследствие первородного греха. Но избранному меньшинству Бог предопределил спасение. И ни человек, ни Церковь не в силах изменить предопределение благими делами или молитвами. Знать, что ему уготовано, человек не может, но раз у него есть дар веры, он должен оставить все сомнения и действовать в миру решительно в соответствии с наставлениями Библии. Человек обязан следовать своему призванию, и тогда Господь подаст ему «внешний знак», свидетельствующий о его избранности. Этим знаком может быть процветание в делах, но могут быть и бедствия, которыми испытывается твердость веры человека, и даже мученическая смерть.
От церкви Кальвин требовал строгости и простоты культа, настаивая на ее «демократическом» устройстве. Кальвинистская церковь представляла собой федерацию общин, руководство которых избиралось верующими. Но авторитет избранных пастырей должен быть непререкаем и подкреплен строжайшей дисциплиной. Долг подданного, согласно Кальвину, уважать государственную власть, однако если правитель мешает истинной вере, то он становится тираном и бороться с ним является не только правом, но и святой обязанностью верующих. Впрочем, инициатива в борьбе с тираном могла исходить лишь от законных властей, от представительных органов, и главная роль отводилась увещеваниям и ненасильственным действиям.