«Амбуазский заговор» призван был освободить короля «от тирании Гизов». После того как заговор был раскрыт, рядовых заговорщиков, в основном кальвинистов, повесили на зубцах Амбуазского замка. Расследование изобличило участие в заговоре принца Конде, которого спасла лишь внезапная смерть Франциска II (5 декабря 1560). Его брату Карлу IX (1560–1574) было 10 лет. Королева-мать Екатерина Медичи, став регентшей, опасалась чрезмерного усиления какой-то одной из аристократической группировок и предпочитала балансировать между ними. Она освободила Конде, назначив Антуана Бурбона генеральным наместником королевства.
Опираясь на советы канцлера Мишеля де Лопиталя, Екатерина Медичи пыталась установить единение в условиях религиозного раскола и жесточайшего финансового кризиса. На созванных в декабре 1560 г. Генеральных Штатах в Орлеане было объявлено, что государственный долг превышает 42 млн ливров. Эта сумма в четыре раза превосходила все доходы государства. Дворяне и горожане требовали продать имущество Церкви для покрытия долга. Духовенство же согласилось оплачивать часть долгов короля по муниципальным рентам (государственным займам). В соответствии с жалобами сословий был составлен план реформирования судопроизводства, предприняты попытки религиозного примирения. Еще на открытии Штатов канцлер Лопиталь призывал: «Отложим в сторону эти дьявольские слова: “политические партии”… “лютеране”, “гугеноты”, “паписты” и будем называться просто “христианами” и “французами”».
В 1561 г. состоялся коллоквиум в Пуасси, куда были приглашены католические прелаты и кальвинистские пасторы, чтобы под эгидой короля положить конец религиозному конфликту. Стороны не шли на уступки, тем не менее, правительство во что бы то ни стало хотело установить религиозный мир. Согласно январскому эдикту 1562 г. («Эдикт терпимости»), вплоть до восстановления церковного единства запрещались преследования по религиозном признаку. Кальвинистам была дарована свобода вероисповедания, но запрещались собрания в городах, чтобы не смущать католиков.
Это был беспрецедентный шаг — до сих пор государственное единство мыслилось лишь как единство «общины верных», «мистического тела». Однако, несмотря на полученные свободы, эдикт не удовлетворял гугенотов, чья численность превысила миллион человек. Они стремились обратить короля и народ в свою веру, искоренить «папизм». Католическое большинство «Эдикт терпимости» устраивал еще меньше.
1 мая 1562 г. люди герцога Гиза разогнали нарушавшее ограничения январского эдикта молитвенное собрание гугенотов в городе Васси. Солдаты взломали амбар, в котором заперлись гугеноты, убили и ранили многих из собравшихся, в том числе женщин и детей. Это стало поводом для начала Религиозных войн, продолжавшихся до 1598 г.
Католический Париж встретил Франсуа де Гиза как спасителя веры. Но гугеноты подготовились к войне. В первые недели войны они захватили свыше 200 городов, среди которых были Лион, Руан, Орлеан, Пуатье, города Лангедока. Католики во главе с Гизами добились отмены «Эдикта терпимости». Во многих городах происходили избиения гугенотов. В конфликт втягивались соседи: Филипп II помогал католикам, Конде обратился к английской королеве и к немецким протестантам.
Главным преимуществом католиков было то, что они действовали от имени короля, поэтому на их стороне оказалось и много протестантов. Так, например, Антуан Бурбон командовал королевскими войсками и получил смертельную рану при осаде гугенотами Руана. Королевские войска начали брать один город за другим. Принц Конде попал в плен к герцогу Гизу. Коннетабль Монморанси был захвачен гугенотами. В феврале 1563 г. во время осады Орлеана гугенотский дворянин Польтро де Мере застрелил Франсуа Гиза и принял мучения и казнь, будучи уверен, что он освободил страну от тирана. Воспользовавшись тем, что вожди воюющих сторон были убиты или находились в плену, королева-мать вернулась к политике умиротворения. Договор в Амбуазе подтверждал «Эдикт терпимости», хотя Парижский парламент выражал возмущение этим актом, считая уступки гугенотам чрезмерными.
Екатерина Медичи делала все возможное для укрепления авторитета королевской власти. В течение двух лет она путешествовала с Карлом IX по провинциям Франции, организуя «торжественные въезды» в города и встречи с местным дворянством. Подтверждая местные привилегии, она стремилась назначать на ключевые посты своих людей и тем самым ослабить всевластие аристократических клиентел. Пышность королевского двора (и в особенности «летучий батальон» прекрасных придворных дам) была призвана смягчить воинственность дворян, превратив их в придворных. Королева надеялась установить «союз сердец», основанный на неоплатонической идее пронизывающей космос всеобщей любви; отсюда и ее увлечение астрологией и «герметическими учениями».