Но логика гражданской войны оказалась сильнее. В 1567 г. кальвинисты попытались нанести превентивный удар и захватить короля (так называемый «сюрприз в Мо»). Война вспыхнула вновь. Канцлер Лопиталь был удален от двора, его политика примирения провалилась. Войны, вторая (1567–1568) и третья (1568–1570), становились все ожесточеннее. Королевской армии во главе с братом короля Генрихом, герцогом Анжуйским, удалось разгромить гугенотов (реальное командование осуществлял опытный маршал Таванн). Под Жарнаком был ранен и пленен принц Конде. Но если раньше с ним обходились по-рыцарски, то на сей раз по приказу герцога Анжуйского принца пристрелили, подвергнув его тело поруганию.
Несмотря на поражения, протестантам во главе с адмиралом Колиньи удалось совершить несколько удачных рейдов и угрожать столице. И вновь Екатерина Медичи решила закончить войну. Согласно Сен-Жерменскому миру (1570), была объявлена амнистия, Колиньи вошел в Королевский совет, а протестантам разрешили совершать богослужения вне городских стен. Кроме того, гугенотам предоставлялось несколько крепостей, и в частности Ла-Рошель. Католики возмущались условиями, казавшимися им унизительными после одержанных побед. Но правительство опасалось усиления ультракатолической партии.
Адмирал Колиньи предложил сплотить католическое и гугенотское дворянство в новой войне против Испании, давнего врага французских королей. Карл IX мог бы возглавить поход на помощь восставшим Нидерландам. Эти планы заинтересовали короля, завидовавшего воинской славе своего брата.
Екатерина Медичи старалась избежать войны с Испанией. Ей казалось безумием втянуть разоренную страну в войну против сильнейшего монарха Европы. К тому же поддержка кальвинистов в Нидерландах предполагала союз с протестантскими государствами, что слишком усиливало гугенотов. Королева-мать нашла другой выход. Сестра короля Маргарита Валуа, «жемчужина королевского двора», должна была вступить в брак с вождем гугенотов Генрихом Бурбоном, королем Наварры. Этот союз был символичен, и придворные астрологи старались рассчитать, чтобы дата свадьбы приходилась на день, когда совпадут орбиты Марса и Венеры. Бог войны сочетался с богиней любви, что должно было гарантировать стране мир, а королю — любовь подданных. У этого плана имелись и противники. Мать жениха Жанна д’Альбре, суровая кальвинистка, была в ужасе от нравов французского королевского двора. Брак был ненавистен Католической церкви и папе римскому, а также Гизам, чьи позиции при дворе оказались бы ослаблены. Но больше всего негодовали парижане. В гугенотах они видели не просто мятежников, разорявших страну, но приспешников Антихриста. Проповедники вещали, что Париж, где свершится противоестественный брак, будет испепелен гневом Божьим как новый Содом.
18 августа 1572 г. состоялась свадьба, на которую съехался цвет гугенотского дворянства. Пышные торжества проходили на фоне глухой враждебности парижан. 22 августа адмирал Колиньи был ранен выстрелом в руку: стреляли из дома человека из клиентелы Генриха Гиза. У последнего было много причин ненавидеть адмирала, который, как полагали, стоял за убийством его отца в 1563 г.
Карл IX и королева-мать явились к раненному адмиралу, чтобы выразить сочувствие, но гугенотские вожди потребовали от короля наказать виновных, угрожая покинуть Париж и взять дело мести в свои руки. Неясно, кто организовал покушение: испанцы, Гизы или Екатерина Медичи, которая, устранив адмирала, могла бы обратить мщение гугенотов против Гизов, столкнув «партии» между собой. Покушение не удалось, Колиньи остался жив, а гугеноты не скрывали готовности начать войну.
Срочно был созван королевский совет. Короля удалось убедить в том, что избежать новой войны можно, лишь устранив гугенотских вождей. В ночь с 23 на 24 августа к дому, где находился Колиньи, явились люди Генриха Гиза, которых пропустила стража, выставленная королем (ею командовал капитан из клиентелы Гизов). Адмирала убили, а его тело выбросили в окно. Ударил набат. Люди герцога Гиза и герцога Анжуйского врывались в дома, где разместились знатные гугеноты. Кальвинистов убивали и в Лувре. Генриху Наваррскому и его кузену, принцу Конде-младшему, сохранили жизнь, заставив перейти в католичество. В резне участвовала и городская милиция (ополчение горожан).
Утром в Париже разнеслась весть, что на кладбище Невинноубиенных расцвел сухой боярышник, в чем увидели знак одобрения содеяного. Погромы продолжались еще неделю, в том числе и в провинциальных городах — в Бордо, Тулузе, Орлеане, Лионе. В одном только Париже погибло от двух до трех тысяч человек — гугенотская знать, подозреваемые в кальвинизме парижане и члены их семей.