Взрыв народного гнева стал неожиданным для властей. Но если бы они хотели предотвратить резню, то средств у них для этого не было. Король взял ответственность на себя. Новый эдикт отменял право гугенотов иметь крепости. Религиозные свободы не были аннулированы, но переход в католическую веру всячески поощрялся. Во многих провинциях гугенотские общины прекратили существование.
Гугенотам удалось организовать сопротивление. Во время четвертой войны (1572–1573) королевская армия взяла ряд гугенотских крепостей, но так и не смогла овладеть главной твердыней — Ла-Рошелью. Командовавший осадой герцог Анжуйский заключил с гугенотами мир. Герцог торопился, получив известия о своем избрании на польский престол.
В Речи Посполитой, отличавшейся в ту пору веротерпимостью, противники кандидатуры Генриха Анжуйского рассказывали о его роли в Варфоломеевской ночи. Французские дипломаты повторяли версию, что Карл IX хотел покарать не протестантов, а мятежников, но любовь парижан к своему королю была столь сильной, что в результате народного гнева погибли и невиновные. Если испанский король Филипп II и папа римский Григорий XIII приветствовали расправу, то Елизавета Английская и германские князья выражали возмущение. Любопытно, что в письме императору Максимилиану II казни безвинных подданных осуждает и Иван Грозный. Шок от Варфоломеевской ночи ни для кого во Франции не прошел бесследно. Религиозные войны будут продолжаться еще четверть века, но подобных погромов не повторится.
В 1573 г. протестанты создают объединение, которое историки назовут по аналогии с Нидерландами — Соединенные провинции Юга.
Если раньше гугеноты надеялись подчинить короля и навязать свою веру королевству, то теперь они создают нечто вроде своего государства, не признавая власть короля-тирана. Появилась масса памфлетов тираноборческого характера. Ф. Отман, Ф. Дюплесси-Морне, И. Жантийе и авторы многих анонимных сочинений настаивали на том, что суверенитет в стране принадлежит народу (т. е. дворянам, потомкам свободных франков), который со времен Хлодвига избирал государя. Если же государь становится тираном, душит свободу и обременяет страну налогами, то народ может его свергнуть. Для этого у него есть защитники — принцы и Генеральные Штаты. Автор памфлета «Франко-Турция» утверждал, что целью Екатерины Медичи и окруживших короля иноземцев (лотарингцев и итальянцев, учеников Макиавелли) является истребление всех знатных людей королевства, для чего и была задумана Варфоломеевская ночь. Эти памфлеты стали знаменем дворянской оппозиции, включавшей объединенные силы гугенотов и «недовольных» или «политиков», как называли умеренных католиков, противников религиозного насилия со стороны властей и черни.
Во время пятой религиозной войны (1574–1576), начатой гугенотами, умирает Карл IX. Генрих Валуа спешно покинул Польшу, чтобы занять французский престол под именем Генриха III (1574–1589). Новому королю пришлось столкнуться с большими трудностями. Брат короля Франсуа, герцог Алансонский, покинул Париж и примкнул к «недовольным». Принц Конде, а затем и Генрих Наваррский бежали из Парижа, отреклись от католичества и встали во главе гугенотов. Им на помощь пришли войска немецких протестантов. Губернаторы ряда провинций вышли из повиновения. Правительство не располагало ни деньгами, ни солдатами, чтобы справиться с врагами, несмотря на ряд побед герцога Гиза, командовавшего войсками католиков.
Генриху III пришлось заключить выгодный для гугенотов мир — им передавались 12 крепостей; гарантировалась свобода вероисповедания повсюду, кроме Парижа; признавалась политическая организация протестантов. События Варфоломеевской ночи были объявлены преступлением, гугенотам возвращалось конфискованное имущество. Договор получил название «мира Месье» (так официально именовали брата короля). Франсуа Алансонский, главный посредник на переговорах, получил в апанаж Анжу (и с тех пор именовался герцогом Анжуйским), Турень и Берри. Генрих Наваррский был назначен губернатором Гиени, а принц Конце — Пикардии.