В Португалию масонство проникло рано, но к моменту публикации «In eminenti» в Лиссабоне действовали всего две ложи: католическая — организованная ирландцами, и протестантская — у ее истоков стояли англичане. Ирландская ложа самораспустилась, как только известия о булле докатились до Лиссабона. Английская продолжила действовать в одиночку, покуда приток в Португалию ремесленников из Франции не стимулировал появление еще одной структуры: в 1741 г. в столице возникла ложа, на три четверти состоявшая из французов, но через два года она подверглась разгрому, а ее основатель был приговорен к четырем годам галер. После восшествия на престол Жозе I (1750) позиция властей смягчилась, поскольку фактический правитель страны маркиз Себастьян Жозе Помбал относился к деятельности масонов терпимо, а возможно, и сам принадлежал к их числу. Толерантность во времена Помбала вынужденно проявляли и церковные власти, поэтому в 1774 г. «Регламент» инквизиции не упомянул масонов в ряду врагов святой веры. Сеть португальских лож постепенно разрасталась. Ремесленников в них стали вытеснять военные и даже представители духовенства. Ситуация снова переменилась после смерти Жозе I: суд над Помбал ом знаменовал политику «искоренения дурных нравов и идей». С 1777 г. на масонов обрушились репрессии, побудившие многих бежать из страны. Тем не менее в 1793 г. некоторые ложи возобновили свою деятельность в Коимбре, Лиссабоне и Порту.
Иная картина наблюдалась в Испании. Хотя первая ложа появилась в Мадриде уже в 1728 г., распространения в XVIII в. масонство там не получило. Исследователи говорят лишь о его «спорадическом присутствии» и объясняют это противодействием испанских монархов и сильными позициями католической церкви. В 1738 г. в ответ на «In eminenti» великий инквизитор Испании издал эдикт, угрожавший «вольным каменщикам» повторным отлучением от церкви (помимо папского) и высокими штрафами. В 1740–1750 гг. состоялись первые процессы (большинство обвиняемых были военными, инициированными за границей). В 1751 г., вслед за второй антимасонской буллой «Providas Romanorum» папы Бенедикта XIV, преследования усилились и вылились в декрет короля Фердинанда VI: орден был объявлен врагом церкви и государства. Его главное прегрешение состояло в нежелании сообщать монарху о своих целях и уставах. В метрополии и колониях, в частности в Лиме, прошли новые антимасонские процессы, причем на скамье подсудимых оказалось немало иностранцев. С началом Французской революции борьбу с масонством подстегнули политические соображения: испанские власти опасались распространения революционных идей. Не случайно особенно много процессов пришлось на 1793–1794 гг. Таким образом, в XVIII в. интегрироваться в испанское общество масонству не удалось.
В германских землях, напротив, оно получило широкое распространение, но развивалось особым путем. Первая немецкая ложа — «Авессалом» — появилась в Гамбурге в 1733 г. и была официально зарегистрирована в 1737 г. Вслед за Гамбургом ложи возникли в Берлине, Мюнхене, обоих Франкфуртах, Марбурге, Лейпциге и других городах. Посвящение в масоны наследника прусского престола, будущего Фридриха II (1738), подтолкнуло к ордену многих владетельных князей Германии. Поддержка представителей власти способствовала тому, что немецкое масонство окрепло и приобрело самостоятельность. «Вольные каменщики» Германии принялись развивать собственные обряды («циннендорфский», «египетский» и др.), в которых огромное значение получили христианские мотивы, религиозная экзальтация и мистицизм. В Германии родилось и влиятельное движение розенкрейцеров, следовавшее изобретенной бароном Карлом фон Гундом системе «строгого послушания». В целом немецкое масонство было довольно консервативным и иерархичным. Тем не менее ложи оставались пространством интеллектуального диалога, что привлекало к ним таких выдающихся мыслителей, как Иоганн Вольфганг Гёте, Кристоф Мартин Виланд, Готхольд Эфраим Лессинг, Георг Форстер, Фридрих Генрих Якоби. Радикальный в политическом отношении баварский орден «иллюминатов» — «просветленных» (1776–1787), основанный приверженцем французского материализма Адамом Вейсгауптом, стал известен именно благодаря тому, что сознательно имитировал масонство.