В 1775 г. Екатерина II осуществила новую губернскую реформу, основанную на «Учреждениях о губерниях Всероссийской империи», согласно которым было введено административно-территориальное деление страны на наместничества (генерал-губернаторства), губернии и уезды. Все территории, вошедшие в состав империи после этой реформы: Белоруссия, Литва, Правобережная Украина, Крым, — теперь сразу получали систему управления в соответствии с «Учреждениями». Сложнее обстояло дело с теми имперскими перифериями, которые уже находились в составе империи, обладая при этом особым статусом.
Первая попытка заменить гетманское правление на Украине имперскими учреждениями была предпринята еще в петровское время, когда в 1722 г. учредили Малороссийскую коллегию, располагавшуюся непосредственно в гетманской резиденции в Глухове. При этом на коллегию возлагались обязанности контроля за деятельностью всех местных органов самоуправления и приема от населения жалоб на Генеральную войсковую и полковые канцелярии, а также на судебные органы. Иначе говоря, имперская власть брала на себя роль защитника населения от местного произвола. Однако деятельность коллегии привела к росту недовольства казацкой старшины и распространению в ее среде сепаратистских настроений. Поскольку это совпало с обострением отношений с Турцией и, соответственно, создавало угрозу безопасности страны, в 1727 г. Малороссийская коллегия была ликвидирована, а избрание гетмана возобновлено. В 1734–1750 гг. гетман вновь не избирался, а Украиной управляли Правление гетманского уряду и Канцелярия министерского правления, ликвидированные с избранием гетманом К.Г. Разумовского. Но восстановление «самостийности» не остановило процесс экономической интеграции украинских земель в общеимперское пространство. Так, в 1754 г. после отмены в России внутренних таможен они были ликвидированы и на границе с Украиной.
В 1764 г. Екатерина II приняла отставку последнего украинского гетмана и назначила П.А. Румянцева малороссийским губернатором. В данной ему инструкции подчеркивалось, что центр рассматривает Украину исключительно как имперскую периферию, которая должна приносить ему соответствующую выгоду, в то время как «Россия при всем том весьма малую, а во время последнего гетманского правления почти и никакой от [украинского] народа пользы и доходов поныне не имела». Румянцев возглавил и вновь созданную Малороссийскую коллегию, в которой заседали четверо русских и четверо украинских членов. Но процесс политической и административной интеграции Украины осуществлялся при этом осторожно и постепенно. В 1765 г. были распущены казацкие полки в Слободской Украине, а еще через десять лет упразднена Запорожская Сечь. Однако лишь в 1781 г. было окончательно ликвидировано деление на полки и сотни, и на Левобережной Украине учреждено три наместничества: Киевское, Черниговское и Новгород-Северское. Одновременно была упразднена и ставшая уже ненужной Малороссийская коллегия. В 1783 г. последовал указ, окончательно запретивший крестьянские переходы и, таким образом, утвердивший на Украине крепостное право.
В Уложенной комиссии 1767–1768 гг. представители украинской шляхты требовали уравнения ее в правах с российским дворянством. В последующие годы начался процесс интенсивной миграции представителей украинского дворянства в Россию; некоторые из них получили видные места при российском дворе, что не только означало их личный карьерный рост, но в определенной степени давало им возможность, став частью общеимперской политической элиты, отстаивать интересы своего региона.
Еще осторожнее обращалась центральная власть с прибалтийскими провинциями. На протяжении XVIII в. существовал ряд центральных ведомств (Камер-контора лифляндских, эстляндских и финляндских дел, Юстиц-коллегия лифляндских, эстляндских и финляндских дел, Коллегия лифляндских и эстляндских дел), ведавших финансовыми вопросами и управлением государственными имениями на этих территориях, исполнявших функции высшей апелляционной инстанции и т. д. Однако при этом сохранялись местные органы самоуправления, а также система судебных учреждений, обеспечивавшая важнейшую привилегию прибалтийского дворянства — возможность судиться в соответствии со шведскими законами и процедурами. Более того, делопроизводство в Прибалтике велось на немецком языке, в латышской части Лифляндии жалованье местным чиновникам выплачивалось не русскими рублями, а в иностранной валюте; местное население не было положено в подушный оклад и на него не распространялась рекрутская повинность.